Panel Sequencing

Untersuchen Sie gezielt definierte Regionen innerhalb des Genoms

Ein Gen-Panel umfasst eine definierte Auswahl an Genen, die angereichert und sequenziert werden. Es ist mit dieser Methode möglich, eine Vielzahl von Proben parallel mit hoher Sequenziertiefe mittels Next Generation Sequencing zu sequenzieren. Panel-Sequenzierungen (“panel sequencing”) resultieren in einer gut zu handhabenden Datenmenge mit einem geringen Anteil an unterrepräsentierten Regionen.

CeGaT setzt das Konzept der Panel-Sequenzierung bereits seit 2009 in der genetischen Diagnostik ein. Basierend auf unserer langjährigen Expertise, können wir Ihnen vordefinierte Panels anbieten. Profitieren Sie entweder von PacBios Long-Read-Sequenziertechnologie mit HiFi-Reads oder nutzen Sie die bewährte Short-Read-Sequenziertechnologie von Illumina. Untersuchen Sie mit unseren Long-Read-Panels Gene, die relevant für den Medikamentenstoffwechsel und das therapeutische Ansprechen sind, oder Gene, die mittels Short-Read Sequencing schwierig zu sequenzieren sind. Für Short-Read-Panels unterstützen wir Sie gerne bei der Erstellung und Validierung eines Custom-Panel-Designs. Sollten Sie an Short-Read-Panels zur Charakterisierung von Tumoren interessiert sein, finden sie weitere Tumor-assoziierte Panels in unserem Comprehensive-Tumor-Profiling-Produktportfolio.

CeGaT ist der beste Partner für Ihr Sequenzierprojekt

Hohe
Flexibilität

Skalierbar für unterschiedliche Probenarten, Probenmengen und Probenanforderungen

Akkreditierte
Verfahren

Bearbeitung nach
höchsten Qualitätsstandards

Hervorragender Kundenservice

Wissenschaftliche Begleitung bei allen Projektschritten

Qualität aus Deutschland

Hausinterne Bearbeitung aller Proben zur Einhaltung unserer zuverlässigen und bewährten Qualität

Unser Engagement für Sie

Schnelle Bearbeitung

Bearbeitungszeit
≤ 15 Werktage

Hohe Qualität

Höchste Genauigkeit bei allen Prozessen

Sichere Datenlieferung

Sichere Bereitstellung der sequenzierten Daten über hausinterne Server

Sichere Aufbewahrung

Sichere Proben- und Datenaufbewahrung nach Projektabschluss

Unser Service

Uns ist eine umfangreiche und erstklassige Projektbegleitung wichtig − von der Auswahl des passenden Produktes bis zur Auswertung der Daten. Jedes Projekt wird von einer engagierten Wissenschaftlerin oder einem engagierten Wissenschaftler begleitet, so dass Ihnen während des gesamten Projektverlaufs eine Ansprechpartnerin oder ein Ansprechpartner zur Seite steht.

Unser Service umfasst:

  • Ausführliche Projektberatung
  • Produktauswahl abgestimmt auf Ihr Projekt
  • Umfangreiche bioinformatische Auswertung Ihrer Daten
  • Abschließender und detaillierter Projektbericht mit Informationen zur Probenqualität, Sequenzierparametern, bioinformatischen Analysen und Ergebnissen

Profitieren Sie von unserem hervorragenden Support und unseren akkreditierten Arbeitsabläufen.

Unser Produktportfolio für Panel Sequencing

Wir bieten verschiedene Produkte für Panel Sequencing (PAS) an, um eine Vielzahl von Forschungsfragen abzudecken. Wünschen Sie zusätzlich zu den enthaltenen Leistungen bioinformatische Analysen Ihrer Daten? Jedes unserer Produkte kann durch weitere Dienstleistungen ergänzt werden. Wir beraten Sie gerne.

HiFi PAS PGX

HiFi PAS Dark

PAS Flex

Spezies
Mensch

Spezies
Mensch

Spezies
Verschiedene

Sequenzierpanel
Twist Alliance Long-Read PGx Panel

Sequenzierpanel
Twist Alliance Dark Genes Panel

Sequenzierpanel
Custom Panel

Sequenzierplattform
PacBio

Sequenzierplattform
PacBio

Sequenzierplattform
Illumina

Output
Flexibel

Output
Flexibel

Output
Flexibel

Beinhaltete Leistungen
Projektbericht & geklippte BAM-Dateien

Beinhaltete Leistungen
Projektbericht & geklippte BAM-Dateien

Beinhaltete Leistungen
Projektbericht & FASTQ-Dateien

Sollten Sie an Panels zur Charakterisierung von Tumoren interessiert sein, können Sie einen Blick in unser Comprehensive-Tumor-Profiling-Produktportfolio werfen.

Bioinformatik

Für Sequenzierprojekte, die auf unserem PacBio-Sequenziersystem realisiert werden, erhalten Sie HiFi-Reads entweder als geklippte BAM-Dateien oder als FASTQ-Dateien. Für Short-Read-Sequenzierprojekte erhalten Sie nach dem Demultiplexing FASTQ-Dateien. Sollten Sie an weiteren bioinformatischen Analysen interessiert sein, kontaktieren Sie uns gerne. Sofern Sie mit uns ein Custom Panel entwerfen, werden das Datenformat und die Datenanalyse an Ihre individuellen Bedürfnisse angepasst.

Technische Information

Die PacBio-Plattform ermöglicht uns die Sequenzierung angereicherter DNA-Fragmente mit einer Länge von 5-6 kb und die Generierung von HiFi-Reads. Wir bieten Ihnen zwei von Twist entwickelte Panels an:

  • Das Panel HiFi PAS PGX zur Untersuchung von pharmakogenomisch relevanten Genen umfasst Regionen in 49 Genen.
  • Das Panel HiFi PAS Dark umfasst Regionen in 389 Genen, die mittels Short-Read-Sequenzierung schwierig zu sequenzieren sind.

Für die Short-Read-Sequenzierung auf unseren Illumina-Plattformen unterstützen wir Sie bei der Definition der Zielgene und der Validierung Ihres Custom-Panels gemäß den für die Diagnostik zugelassenen Qualitätsstandards CAP und ISO:15189. Wir empfehlen Ihnen die Paired-End-Sequenzierung (2 x 100 bp). Sollten Sie andere Sequenzierparameter benötigen, lassen Sie es uns gerne wissen! Wir können Ihnen weitere Lösungen anbieten.

Genverzeichnis für HiFi PAS PGX & HiFi PAS Dark

ABCB1, ABCG2, ADD1, ADRA2A, ANKK1, APOL1, BCHE, CACNA1S, CFTR, COMT, CTBP2P2, CYP1A2, CYP2B6, CYP2C19, CYP2C8, CYP2C9, CYP2D6, CYP3A4, CYP3A5, CYP4F2, DPYD, DRD2, F2, F5, G6PD, GBA, GRIK4, HLA-A, HLA-B, HLA-DQA1, HLA-DRB1, HTR2C, IFNL3, MTHFR, NAGS, NAT2, NUDT15, OPRD1, OPRK1, OPRM1, POLG, RYR1, SLC6A4, SLCO1B1, TPMT, UGT1A1, UGT2B15, VKORC1, YEATS4

A4GALT, ABCG8, ABO, ABR, ADAMTS10, ADAMTSL2, AFP, AGL, AGRN, ALOXE3, ANKRD11, ANO7, APOBEC1, APOBEC3H, APOC1, APOC2, APOC4, ARHGEF10, ASIP, ATPAF2, AXIN1, B3GAT3, BAX, BFSP2, BLOC1S3, BRAF, BSG, BTRC, C1R, C3, CABIN1, CALR3, CANT1, CASP10, CBR3, CBS, CCL3L1, CD247, CD320, CD4, CD55, CDH15, CDH17, CEL, CFC1, CFC1B, CFD, CFHR1, CFHR3, CHL1, CHMP1A, CHRNA4, CLCN7, CLIP2, CNR2, COL18A1, COL6A1, COL6A2, COX14, COX6B1, CR1, CREB3L3, CRYAA, CTDP1, CYB5R3, CYP2D6, CYP2G1P, CYP4F12, CYP4F3, D2HGDH, DAXX, DAZL, DCLRE1C, DEAF1, DGCR6, DIP2C, DLGAP2, DMPK, DNMT3L, DOK7, DPP6, DPY19L2, DRD4, DSPP, DUX4, DUX4L1, ECHS1, EEF1A2, EHMT1, EIF2B5, EIF4E, ELANE, ENO3, ESPN, ESRRA, ETFB, ETHE1, EXTL2, F7, FAM20C, FAT1, FCGR1A, FCGR2B, FCGR3A, FGF3, FGFRL1, FKBP8, FLAD1, FLG, FLT4, FOXN1, FSCN2, FTCD, FUT1, FUT3, FXN, G6PC3, GAK, GALNT9, GALR1, GALT, GBA, GCGR, GCSH, GDF3, GIP, GIPC3, GNPTG, GOLGA3, GP1BA, GP6, GPI, GPIHBP1, GRIN1, GRK1, GSTM1, GTF2I, GTF2IRD2, GUSB, GYPA, GYPB, GYPE, H19, HBG1, HBM, HCN2, HCN3, HES7, HLA-B, HLA-DQB1, HLA-DRB1, HMGCL, HMX1, HNF1A, HOMER2, HOXB8, HPD, HSD11B2, HYAL1, HYDIN, IFITM3, IFNL3, IGHA1, IGHG1, IGHG2, IGHM, IGHV3-21, IGKC, IGKV1-5, IKBKB, IKZF1, IMPA1, INPP5D, INPP5E, INSL3, INSR, JAG2, KANSL1, KATNAL2, KCNE1, KCNJ18, KCNV2, KDM2B, KIR2DL1, KIR2DL3, KIR3DL1, KISS1, KISS1R, KLF11, KLF14, KLK4, KMT2C, KNG1, KRTAP1-1, LAMB1, LBR, LCE3B, LHFPL5, LIPN, LIX1, LMF1, LMNB2, LPA, LRIG2, LRPAP1, LZTFL1, MAFA, MAN1B1, MAP2K3, MARVELD2, MASP2, MBOAT7, MC1R, MDK, MEST, MLC1, MLPH, MOGS, MPG, MRC1, MST1R, MUC1, MUC16, MUC3A, MUC4, MUC5B, MUSK, MYO9B, MYOT, MYT1, NACA, NAIP, NAPRT, NBEAP1, NCF1, NCF1C, NCR3, NDUFA6, NDUFAF1, NDUFB1, NDUFV3, NFKBIL1, NLRP12, NLRP2, NLRP7, NOD1, NOTCH2, NPM1, NPPA, NSMF, NUTM2B, NUTM2D, OCLN, OPRL1, OR12D2, OR4F5, OR51A2, ORC6, P2RX2, P2RX5, PADI4, PAPSS2, PCBP1, PCCB, PCDHA10, PCMT1, PDE4DIP, PDE6B, PDLIM3, PDPK1, PDSS1, PEX5, PGAM5, PHKG2, PIGV, PKD1, PKN3, PLA2G10, PLTP, PMS2, PNKP, POLG2, PPIA, PPIP5K1, PRG4, PRKCG, PRODH, PROZ, PRSS2, PSPH, PTEN, PTK6, PTPRC, PTPRN2, PTPRQ, PXDN, RFX2, RGPD3, RHCE, RHOA, RNF212, RNF213, RPIA, RPL22, RPN1, RPS17, SAR1B, SBDS, SBK3, SDHA, SEC63, SEMG1, SERPINF2, SH2B1, SHANK2, SHANK3, SIGLEC16, SIRT3, SLC17A5, SLC22A1, SLC22A12, SLC26A9, SLC27A4, SLC27A5, SLC29A4, SLC5A11, SLC6A18, SLC6A3, SMG1, SMN1, SMN2, SMOC2, SNORD64, SNTG2, SOHLH1, SPATA31C1, SPI1, SPRN, SRGAP2, SRR, SSTR5, STK11, STXBP2, SULT1A1, SUZ12, TAPBP, TAS2R45, TAS2R46, TBXA2R, TCF3, TERT, TFPT, THBS2, TJP2, TM4SF19, TMC6, TMEM114, TNNI3, TNNT1, TNNT3, TPCN2, TPO, TRAPPC10, TRBV9, TRMT1, TRPM4, TTC37, TTLL1, TUBGCP6, TWIST2, TYK2, TYMS, U2AF1, UGT2A1, UGT2A2, UGT2B17, UGT2B28, UNKL, USP8, UVSSA, VANGL1, VKORC1, VPS53, ZAN, ZNF141, ZNF407, ZNF419, ZNF469, ZNF479

Unser Prozessablauf

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Support &
Angebot

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Probeneingang & Qualitätskontrolle

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Vorbereitung der Library & Sequenzierung

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Bioinformatische Analysen & Datenversand

Weitere Informationen zu Panel Sequencing

Die Panel-Sequenzierung ist eine kostengünstige und effiziente Methode zur Untersuchung von Erbkrankheiten oder anderen Erkrankungen wie z. B. Krebs. Mit den vordefinierten Panels werden bestimmte genetische Regionen gezielt angereichert, die mit einem bestimmten Phänotyp oder einer spezifischen Krankheit assoziiert werden. Daher sind verschiedene Panels bei CeGaT verfügbar.

Downloads

Panel Sequencing Flyer (DE)

Kontaktieren Sie uns

Sie haben noch Fragen oder Interesse an unserem Service? Treten Sie gern mit uns in Kontakt. Wir werden uns schnellstmöglich um Ihr Anliegen kümmern.

Starten Sie Ihr Projekt mit uns

Gerne beraten wir Sie zu unseren Sequenzierdienstleitungen und erarbeiten mit Ihnen gemeinsam die beste Lösung, die auf Ihre klinische Studie oder Forschungsprojekt abgestimmt ist.

Bitte geben Sie, falls möglich, folgende Probeninformationen an: Ausgangsmaterial, Anzahl der Proben, bevorzugte Option für die Vorbereitung der Library, bevorzugte Sequenziertiefe und gewünschte bioinformatische Analysestufe.