Somatisches Tumor-Panel zur Therapieentscheidung

Informationen

Das CeGaT Tumor-Panel – Somatisch ermöglicht die Detektion von somatischen Mutationen in Tumorgewebe und umfasst 742 Gene, in denen Mutationen bekannt sind, die zur Tumorentstehung beitragen können. Zusätzlich zur Sequenzierung der exonischen Bereiche von 742 Genen werden ausgewählte Translokationen in 31 Genen untersucht. Für die Untersuchung wird sowohl Tumorgewebe als auch Normalgewebe (Blut) des Patienten benötigt. Die Analyse auf somatische Mutationen ermöglicht eine genauere Diagnostik von Tumorerkrankungen und kann ggf. die Auswahl der geeigneten Therapieoptionen unterstützen.

Methode

Anreicherung und Sequenzierung
Um einen möglichst hohen Tumorgehalt (mindestens 20 %) in der DNA aus der Tumorprobe sicherzustellen wird gegebenenfalls eine Makrodissektion durchgeführt. Die Anreicherung der kodierenden Bereiche sowie der angrenzenden Intronbereiche (+/- 10 bp) erfolgt mit einer Hybridization-in-Solution-Technologie. Die Hochdurchsatz-Sequenzierung wird auf der HiSeq Plattform, Illumina durchgeführt (paired-end, mindestens 2×100 bp, durchschnittliche Coverage 500 – 1.000).

Bioinformatische Analyse
Das Mapping der Reads erfolgt auf das Referenzgenom (hg19). Durchgeführt wird eine Detektion von Varianten (SNPs, SNVs, kleinen Deletionen und Insertionen). Die detektierten Varianten werden mit Informationen aus den Datenbanken Ensembl, cosmic, dbSNP und Exome Variant Server annotiert. Der Vergleich der gefundenen Varianten im Tumor und im Normalgewebe führt zur Identifikation der somatischen Mutationen.

Ergebnisse

Es wird ein schriftlicher Befund erstellt. Die Befundung erfolgt durch unser erfahrenes Team von Wissenschaftlern und Fachärzten für Humangenetik. Gefundene somatische Varianten in den 710 Genen werden tabellarisch mitgeteilt. Die Liste umfasst pathogene Mutationen sowie unklare Varianten. Nicht ausreichend abgedeckte Bereiche werden aufgelistet.

Probenmaterial

Für die Analyse benötigen wir Tumor- und Normalgewebe.

Tumorgewebe:

  • DNA (> 200 ng) oder
  • FFPE-Tumorblock oder
  • Objektträger (mindestens 10 Slides).
  • Sofern möglich: H&E-gefärbte Objektträger mit deutlich markiertem Tumorbereich. Bitte geben Sie den Tumorgehalt des markierten Tumorbereichs an.

Normalgewebe:

  • 3-5 ml EDTA-Blut oder
  • 2 µg DNA oder
  • FFPE-Block mit dem Normalgewebe des Patienten.
Weitere Informationen

Hinweise

  • Die Hochdurchsatz-Sequenzierung stellt eine kosteneffiziente Screening-Methode auf pathogene Mutationen in krankheitsassoziierten Genen dar. Der unwahrscheinliche Fall, dass Mutationen innerhalb der ausschließlich mittels Hochdurchsatz-Sequenzierung untersuchten Bereiche nicht detektiert wurden, kann nicht vollständig ausgeschlossen werden.
  • Unsere Qualitätskriterien erfordern eine Abdeckung von mindestens 30 Sequenzen pro Base.
  • Eine sichere Untersuchung auf größere Deletionen bzw. Duplikationen ist mit der Methode der Hochdurchsatz-Sequenzierung nicht möglich.
  • Mutationen in nicht untersuchten Bereichen untersuchten Gene (z.B. Introns, Promoter, Enhancer) können nicht ausgeschlossen werden.
  • Es ist möglich, dass sich aufgrund neuer wissenschaftlicher Erkenntnisse die Einschätzung der Pathogenität von Varianten zu einem späteren Zeitpunkt verändern könnte.
  • Zusätzlich besteht die Möglichkeit bei Verdacht auf eine hereditäre Tumorerkrankung die Probe auch auf pathogene Keimbahnmutationen zu untersuchen. Gemäß Gendiagnostikgesetz (GenDG) ist dafür eine genetische Aufklärung erforderlich.

Einen Termin für eine genetische Aufklärung und Beratung können Sie gern bei uns unter 07071 565 44 55 vereinbaren.

TUM01: Somatisches Tumor-Panel zur Therapieentscheidung (742 Gene)

ABL1, ABL2, ABRAXAS1, ACD, ACVR1, ADGRA2, AIP, AIRE, AJUBA, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, AMER1, ANKRD26, APC, APLNR, AR, ARAF, ARHGAP35, ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ASXL1, ASXL2, ATG2B, ATM, ATP1A1, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AURKC, AXIN1, AXIN2, AXL, B2M, BAP1, BARD1, BCL10, BCL11A, BCL11B, BCL2, BCL3, BCL6, BCL9, BCOR, BCORL1, BCR, BIRC2, BIRC3, BIRC5, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRD3, BRD4, BRIP1, BTK, BTNL2, BUB1B, CALR, CAMK2G, CANX, CARD11, CASP8, CBFB, CBL, CBLB, CBLC, CCDC6, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CD274, CD38, CD52, CD58, CD74, CD79A, CD79B, CD82, CDC73, CDH1, CDH11, CDH2, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN1C, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CEP57, CHD1, CHD2, CHD4, CHEK1, CHEK2, CIC, CIITA, CKS1B, CNOT3, COL1A1, COMMD1, CREB1, CREBBP, CRKL, CRTC1, CRTC2, CSF1R, CSF2, CSF3R, CSMD1, CSNK1A1, CTCF, CTLA4, CTNNA1, CTNNB1, CTSB, CTSL, CTSS, CUL4B, CUX1, CXCR4, CYLD, CYP2A7, DAXX, DCC, DDB2, DDR1, DDR2, DDX11, DDX3X, DDX41, DEK, DHFR, DICER1, DIS3, DIS3L2, DKC1, DNMT1, DNMT3A, DOT1L, DPYD, E2F3, EBP, EGFR, EGLN1, EGR2, EGR3, ELAC2, ELANE, ELF3, EML4, EMSY, EP300, EPAS1, EPCAM, EPHA2, EPHA3, EPHA4, EPHB4, EPHB6, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERG, ERRFI1, ESR1, ESR2, ETNK1, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EXO1, EXT1, EXT2, EZH1, EZH2, FAN1, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FAS, FAT1, FBXW7, FES, FGF10, FGF14, FGF19, FGF2, FGF23, FGF3, FGF4, FGF5, FGF6, FGFBP1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FKBP1A, FLCN, FLI1, FLT1, FLT3, FLT4, FOXA1, FOXA2, FOXE1, FOXL2, FOXO1, FOXO3, FOXP1, FOXQ1, FRK, FRS2, FUBP1, FUS, FYN, G6PD, GABRA6, GALNT12, GATA1, GATA2, GATA3, GATA4, GATA6, GLDN, GLI1, GLI2, GNA11, GNA13, GNAQ, GNAS, GPC3, GPER1, GREM1, GRIN2A, GRM3, GSK3A, H3F3A, HCK, HGF, HIF1A, HIST1H3B, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DPA1,  HLA-DPB1, HLADQA1, HLA-DQB1, HLA-DRA, HLA-DRB1, HLF, HMGA2, HMGN1, HMOX2, HNF1A, HNF1B, HOXB13, HOXD8, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, HSP90AB1, HSPA4, ID3, IDH1, IDH2, IFI30, IFNGR1, IFNGR2, IGF1R, IGF2, IGF2R, IKBKB, IKBKE, IKZF1, IKZF3, IL1B, IL1RN, IL2, IL21R, IL6, IL6ST, IL7R, IL8, ING4, INPP4B, INPPL1, IRF1, IRS2, ITK, JAK1, JAK2, JAK3, JUN, KAT6A, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KIAA1549, KIT, KLF2, KLF4, KLHDC8B, KLHL6, KMT2A, KMT2B, KMT2C, KMT2D, KRAS, LATS1, LATS2, LCK, LGMN, LIG4, LIMK2, LMO1, LRP1B, LRRK2, LTK, LYN, LZTR1, MAD2L2, MAFB, MAGEA1, MAGI1, MAGI2, MAML1, MAP2K1, MAP2K2, MAP2K3, MAP2K4, MAP2K5, MAP2K6, MAP2K7, MAP3K1, MAP3K14, MAP3K3, MAP3K4, MAP3K6, MAPK1, MAPK11, MAPK12, MAPK14, MAPK3, MAPK8IP1, MAX, MBD1, MC1R, MCL1, MDC1, MDM2, MDM4, MECOM, MED12, MEF2B, MEN1, MET, MGA, MGMT, MITF, MLH1, MLH3, MLLT10, MLLT3, MN1, MPL, MRE11, MS4A1, MSH2, MSH3, MSH4, MSH5, MSH6, MSR1, MST1R, MTHFR, MTOR, MTRR, MUC1, MUTYH, MXI1, MYB, MYC, MYCL, MYCN, MYD88, MYH11, MYH9, NBN, NCOA1, NCOA3, NCOR1, NF1, NF2, NFE2L2, NFKB1, NFKB2, NFKBIA, NFKBIE, NFYA, NFYB, NFYC, NIN, NLRC5, NOP10, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NPM1, NQO1, NR1I3, NRAS, NRG2, NSD1, NSD2, NT5C2, NT5E, NTHL1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUMA1, NUP98, PAK1, PAK3, PALB2, PALLD, PARP1, PARP2, PARP4, PAX3, PAX5, PAX7, PBK, PBRM1, PBX1, PDCD1, PDCD1LG2, PDF, PDGFA, PDGFB, PDGFC, PDGFD, PDGFRA, PDGFRB, PDIA3, PDK1, PGR, PHF6, PHOX2B, PIAS4, PIGA, PIK3C2A, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIK3R3, PIM1, PKHD1, PLCG1, PLCG2, PML, PMS1, PMS2, POLD1, POLE, POLH, POLQ, POT1, PPM1D, PPP2R2A, PRDM1, PRDM16, PREX2, PRF1, PRKAR1A, PRKCA, PRKD1, PRKDC, PRKN, PROM2, PRSS1, PRX, PSIP1, PSMB1, PSMB10, PSMB2, PSMB5, PSMB8, PSMB9, PSMC3IP, PSME1, PSME2, PSME3, PSPH, PTCH1, PTCH2, PTEN, PTGS2, PTK2, PTK7, PTPN11, PTPN12, PTPRC, PTPRD, PTPRT, RAC1, RAC2, RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54B, RAD54L, RAF1, RALGDS, RARA, RARB, RARG, RASA1, RASAL1, RB1, RBM10, RECQL4, REL, RET, RFC2, RFX5, RFXANK, RFXAP, RHBDF2, RHEB, RHOA, RICTOR, RINT1, RIPK1, RIT1, RNASEL, RNF2, RNF43, ROS1, RPL22, RPS20, RPS6KB1, RPTOR, RSF1, RUNX1, RYR1, SACS, SAMHD1, SAV1, SBDS, SCG5, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SEC23B, SEM1, SEMA4A, SETBP1, SETD2, SETDB1, SF3B1, SGK1, SH2B1, SH2B3, SH2D1A, SHH, SIK2, SIN3A, SIRT1, SKP2, SLC26A3, SLIT2, SLX4, SMAD3, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMARCE1, SMC1A, SMC3, SMO, SOCS1, SOX11, SOX2, SOX9, SPEN, SPINK1, SPOP, SPRED1, SPTA1, SRC, SRD5A2, SRGAP1, SRP72, SRSF2, SSTR1, SSTR2, SSTR3, SSTR5, SSX1, STAG1, STAG2, STAT1, STAT3, STAT5A, STAT5B, STK11, SUFU, SUZ12, SYK, TAF1, TAF15, TAP1, TAP2, TAPBP, TBK1, TBL1XR1, TBX3, TCF3, TCF4, TCL1A, TEK, TENT5C, TERC, TERF2IP, TERT, TET1, TET2, TFE3, TGFB1, TGFBR2, TLR4, TLX1, TMEM127, TNF, TNFAIP3, TNFRSF11A, TNFRSF13B, TNFRSF14, TNFRSF1A, TNFRSF1B, TNFRSF25, TNFRSF8, TNFSF11, TNK2, TOP1, TOP2A, TP53, TP53BP1, TP63, TPX2, TRAF2, TRAF3, TRAF5, TRAF6, TRAF7, TRRAP, TSC1, TSC2, TSHR, TTK, TUBA4A, TUBB, TYMS, U2AF1, UBE2T, UBR5, UGT2B15, UGT2B7, UIMC1, UNG, USP34, USP9X, VEGFA, VEGFB, VHL, VKORC1, WAS, WASF3, WISP3, WRN, WT1, XIAP, XPA, XPC, XPO1, XRCC1, XRCC2, XRCC3, XRCC5, XRCC6, YAP1, YES1, ZFHX3, ZHX3, ZNF217, ZNRF3, ZRSR2

Detektion von ausgewählten Translokationen in den Genen
ALK, BCL2, BCR, BRAF, BRD4, EGFR, ERG, ETV4, ETV6, EWSR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FUS, MET, MYB, MYC, NOTCH2, NTRK1, PAX3, PDGFB, RAF1, RARA, RET, ROS1, SSX1, SUZ12, TAF15, TCF3, TFE3, TMPRSS2