Identifizierung von Neoantigenen für die Entwicklung personalisierter Krebsimpfstoffe
Körperzellen präsentieren auf ihrer Oberfläche permanent sogenannte Peptide, die den aktuellen Zustand der Zelle anzeigen. Immunzellen können erkennen, ob eine Zelle über normale oder abnormale Peptide verfügt und nutzen diese Informationen, um defekte Zellen zu erkennen und zu eliminieren. Abnormale Peptide, sogenannte Neoantigene, werden auch durch Tumormutationen produziert und sind Zielobjekte für die Immunüberwachung und Tumoreliminierung.
CeGaTs CancerNeo® analysiert das Tumorexom einer Patientin oder eines Patienten, um tumorspezifische (somatische) Mutationen zu erkennen, die HLA-Typen zu identifizieren und Neoantigene vorherzusagen. Die Expression dieser Neoantigene wird durch die Sequenzierung der gesamten RNA (Transkriptom) aus derselben Tumorprobe bestätigt. Damit liefert CeGaT’s CancerNeo® die notwendigen Erkenntnisse für die Entwicklung personalisierter Krebsimpfstoffe und ist ein leistungsfähiges Instrument, um die Reaktion des Immunsystems auf Krebszellen zu verstärken.
Unsere Leistung:
- Bearbeitungszeit: 4-6 Wochen nach Probeneingang
- Höchste Vertraulichkeit und Qualitätsstandards
- Unser Kundendienst begleitet Sie bei jedem einzelnen Schritt


Schnell
Bearbeitungszeit: 4-6 Wochen nach Eingang von Probe
Sicher
Höchste Vertraulichkeit und Qualitätsstandards
Zuverlässig
Unser Kundendienst begleitet Sie bei jedem einzelnen Schritt
Leistungsumfang
- Exom-Sequenzierung von Tumor- und Normalgewebe mit CeGaT ExomeXtra®
- Detaillierte Bewertung der behandlungsrelevanten Varianten, die in 749 tumorrelevanten Genen entdeckt wurden
- Medizinischer Bericht mit
- Validierter Liste von Varianten mit potenzieller therapeutischer Relevanz
- Behandlungsmöglichkeiten auf der Grundlage somatischer Varianten
- TMB-Bestimmung/MSI-Vorhersage
- Umfassende Darstellung krebsrelevanter Signalwege
- Erkennung von Kopienzahl-Varianten (CNVs)
- Sequenzierung der gesamten Tumor-RNA mit rRNA-Depletion
- Sequenzierung des Tumor-Transkriptoms
- HLA-Klasse-I-Typisierung
- Vorhersage von Peptidepitopen (Neoepitope) der HLA-Klasse I, die tumorspezifische Varianten überspannen
- Auswahl der relevantesten Neoepitope, die auf den HLA-Klasse I und HLA-Klasse II binden
- Zweiter medizinischer Bericht mit ausgewählten Peptiden für die Impfstoffentwicklung
Optionale Leistungen
- RNA-basierte Fusions-Transkript-Analyse
- Immunhistochemische (IHC)-Analysen (PD-L1, CAR-T-Zellen-Panel, HLA-Klasse I und II-Färbung)
- MGMT-Promoter-Methylierungsanalyse
Unsere Standardanforderungen für Proben
Normalgewebe:
- 1-2 ml EDTA-Blut oder
- Genomische DNA (1-2 µg)
Tumorgewebe: (Tumorgehalt mindestens 20%)
- FFPE-Tumorblock (min. Gewebegröße 5x5x5 mm) oder
- FFPE-Tumorgewebe-Objektträger (min. 10 Schnitte 4-10 µm, Gewebegröße 5×5 mm) oder
- Genomische DNA (> 200 ng) oder
- frisch gefrorenes Tumorgewebe oder
- 3x 10 ml cfDNA-Röhrchen für Flüssigbiopsie
Andere Probenmaterialien sind auf Anfrage möglich. Bitte beachten Sie: Bei unzureichender Probenqualität oder Tumorgehalt kann die Analyse fehlschlagen. Wenn Sie mehr als eine Option für die Tumorproben haben, kontaktieren Sie uns bitte (tumor@cegat.de). Gerne unterstützen wir Sie bei der Auswahl der optimalen Probe für Ihre Analyse. Für höchste Genauigkeit unseres somatischen Tumordiagnostik-Panels benötigen wir Tumor- und Normalgewebe.
Sample Medical Report
Unser Diagnostikablauf
Test Auswahl
Wir unterstützen Sie gerne bei der Auswahl einer passenden Diagnostikstrategie.
Probenentnahme und Beratung
Die Patientin oder der Patient erhält eine genetische Beratung und unterschreibt die Auftrags- und Einwilligungserklärung. Die Proben werden entnommen und zusammen mit dem Auftragsformular übermittelt.
Analyse
CeGaT führt die angeforderte Analyse durch und erstellt den medizinischen Bericht.
Genetische Beratung
Die Ergebnisse werden mit dem Patienten oder der Patientin besprochen.
Wissenschaftlicher Hintergrund: Neoantigen-Vorhersage
Neoepitope können von CD8+ zytotoxischen T-Zellen (CTL) und von CD4+ T-Helferzellen erkannt werden. Neoepitope, die von CD8+ T-Zellen erkannt werden, sind typischerweise 8-10 Aminosäuren lang und werden von HLA-Klasse-I-Molekülen präsentiert. Neoepitope, die von CD4+ T-Helferzellen erkannt werden, sind dagegen üblicherweise länger (13-18 Aminosäuren) und werden von HLA-Klasse-II-Molekülen präsentiert. Für eine erfolgreiche Immuntherapie sollte die Auswahl der Neoantigene kurze und lange Peptide umfassen, um sowohl CD4+- als auch CD8+-T-Zellen zu aktivieren. Die Immunreaktionen der Krebserkrankten können während der Krebsimpfung durch eine auf Durchflusszytometrie basierende Analyse der Neoepitop-spezifischen T-Zell-Aktivierung überwacht werden.
Unsere Krebsimmunologie-Expertinnen und -Experten verwenden in-silico Algorithmen, die auf Exom-Sequenzierung und HLA-Typisierung basieren, um bis zu 12 geeignete Neoantigen-Epitope vorherzusagen und auszuwählen, die für Patientinnen und Patienten individualisiert sind. Die ausgewählten Peptide werden nicht nur zur Aktivierung zytotoxischer T-Zellen, sondern auch von T-Helferzellen vorhergesagt. Daher sind neben kurzen Peptiden (8-10 Aminosäuren), die potenziell an HLA-Klasse-I-Moleküle binden können, auch lange Peptide (13-18 Aminosäuren) enthalten, die potenziell an HLA-Klasse-II-Moleküle binden können. Um die Expression der ausgewählten Neoepitope zu bestätigen, werden parallel dazu Transkriptomdaten durch RNA-Sequenzierung der Tumorprobe erstellt. In Fällen, in denen keine RNA verfügbar ist, werden Informationen über die Expression der Neoepitope aus Proteinexpressionsdatenbanken verwendet.
Option auf zusätzliche Panel-Sequenzierung
Die im Rahmen von CancerNeo® durchgeführte Analysie basiert auf einer Exom-Sequenzierung, da für die Vorhersage von Neoantigenen ein Verständnis aller somatischen Mutationen notwendig ist. Unsere spezialisierte Anreicherung des somatischen Tumorpanels, auf welchem unser diagnostischer Service CancerPrecision® basiert, ermöglicht die fokussierte Analyse tumorassoziierter Gene und ausgewählter Translokationen. Diese werden daher in viel höherer Auflösung sequenziert. Die zusätzliche Panel-Sequenzierungsoption stützt den medizinischen Bericht zur Unterstützung der Behandlungsentscheidung (CancerPrecision®) auf die Sequenzierungsdaten aus der spezialisierten Panel-Anreicherung. Auf der anderen Seite basiert der medizinische Bericht für vorhergesagte Neoantigene zur Entwicklung personalisierter Impfstoffe auf den gesamten Exom-Sequenzierungsdaten. Der CancerPrecision®-Bericht profitiert von der höheren Sequenzierungsauflösung und der Möglichkeit, die ausgewählten, durch die Panel-Sequenzierung angereicherten Translokationen nachzuweisen.
Immunhistochemie-Analyse (IHC)
Zur Vervollständigung unserer genetischen Diagnostik bieten wir an, in Zusammenarbeit mit Partnerlaboren immunhistochemische Analysen der Tumorprobe zu organisieren. Die pathologischen Untersuchungsberichte leiten wir nach Fertigstellung weiter.
PD-L1
Der Nachweis der Expression des Programmed death-ligand 1 (PD-L1) im Tumorgewebe ist wichtig für die Auswahl von Patienten, die (am meisten) von einer Immuntherapie wie Pembrolizumab profitieren können.
Analyse der Methylierung des MGMT-Promotors
Der Nachweis der Methylierung des MGMT-Promotors im Tumorgewebe ist für Gliom-Patienten wichtig, da er ein potenzieller Biomarker für die Empfindlichkeit gegenüber alkylierender Chemotherapie, einschließlich Temozolomid (TMZ), ist.
HLA Klasse I und II
HLA-Moleküle präsentieren den T-Zellen Tumorantigene. Die Expressionsanalyse von HLA-Molekülen ist ein hilfreiches Werkzeug, um Ihre immuntherapeutische Strategie maßzuschneidern.
CAR T-Zell-Panel (GD2, EGFR, IL13Ralpha, CD276, HER2, PSMA, ROR1, CD47)
Das CAR-T-Zell-Panel detektiert acht verschiedene Zielantigene von CAR-T-Zell-Therapien in der klinischen oder präklinischen Entwicklung.
Next Generation Fusions-Transkriptanalyse – RNA-basiert
Chromosomale Rearrangements treten häufig bei allen Krebsentitäten auf. Infolgedessen kann es zu Genfusionen im Krebsgenom kommen. Fusionen sind oftmals starke Treiber der Krebserkrankung und daher für Behandlungsentscheidungen von größter Bedeutung. Herkömmliche, auf PCR-Technik basierende, Methoden, können eine Fusion nicht nachweisen, wenn der Fusionspartner nicht bekannt ist (bei NTRK-Fusionen häufig relevant). Selbst Analysen des gesamten Transkriptoms sind nicht sensitiv genug, insbesondere wenn der Tumorgehalt niedrig ist. Um alle bekannten und zuvor beschriebenen, sowie Genfusionen mit unbekanntem Partner, mit einer therapeutischen Konsequenz nachzuweisen, haben wir eine gezielte Anreicherung auf RNA-Basis entwickelt. Das Design umfasst 103 Gene für den Nachweis Fusionen mit unbekanntem Partner, 85 zuvor beschriebene Fusionen und 5 spezifische Transkript-Varianten. Diese Methode ist den DNA-basierten Methoden und auch Ansätzen auf ganzer RNA-Basis überlegen. Wir empfehlen dringend, die genetische Tumordiagnostik durch RNA-Anreicherung für Fusionen zu ergänzen, um ein möglichst vollständiges Verständnis der Tumorbiologie zu erhalten.
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Wir unterstützen Sie auf Wunsch bei der Auswahl der diagnostischen Strategie – für jeden einzelnen Patienten.