Die Flüssigbiopsie-Analyse ist eine nicht-invasive Methode zur Diagnose oder Überwachung einer Tumorerkrankung bzw. zur Überwachung des Ansprechens auf eine Behandlung. CeGaTs CancerDetect Panel ermittelt selbst kleinste Mengen zellfreier Tumor-DNA (ctDNA) und stellt damit eine optimale Testoption dar, falls kein Tumorgewebe verfügbar ist. Das Hauptziel der Flüssigbiopsie-Analyse ist zellfreie DNA (cfDNA), die von nekrotischen und apoptotischen Zellen in die Blutbahn abgegeben wird. Erhöhte Werte von cfDNA wurden bei Patientinnen und Patienten mit Tumorerkrankungen und anderen Arten von Krankheiten festgestellt. Die zirkulierende cfDNA wird sowohl von normalen als auch von Tumorzellen freigesetzt. Der Anteil der zirkulierenden Tumor-DNA (ctDNA) variiert zwischen den einzelnen Patientinnen und Patienten, abhängig von der Tumorentität, dem Stadium der Erkrankung, der Tumorlast und vielen anderen Faktoren. Da nur ein Bruchteil der zirkulierenden DNA aus dem Tumor stammt, sind hochsensitive Methoden erforderlich, um diese minimalen ctDNA-Konzentrationen nachzuweisen.
Das von uns entwickelte CancerDetect-Panel basiert auf einer UMI-basierten Technologie, die Sequenzvarianten in handlungsrelevanten, am häufigsten vorkommenden Treibermutationen nachweist. Darüber hinaus stellt CancerDetect aufgrund der nicht-invasiven und jederzeit wiederholbaren Probennahme eine optimale Möglichkeit zur Krankheitsüberwachung dar. Aufgrund des hoch sensitiven Nachweises tumorspezifischer Biomarker kann die Analyse der ctDNA optimal als Surrogatmarker für das Ansprechen der Behandlung im Rahmen der medizinischen Nachsorge eingesetzt werden.
CeGaTs CancerDetect-Panel eignet sich optimal zur Überwachung und Nachsorge einer Tumorerkrankung.
Alle relevanten Untersuchungsergebnisse werden von uns in einem medizinischen Befund mitgeteilt. Dieser beinhaltet eine Liste mit allen identifizierten klinisch relevanten Varianten. Diese Varianten sind eindeutig unter Angabe des Gennamens, der funktionellen Kategorie der Mutation, der Transkript-ID, der Allelfrequenz und der Auswirkung auf die Proteinfunktion annotiert. Zur Sicherstellung der höchsten Qualität wird jeder medizinische Befund von einem interdisziplinären Team bestehend aus Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern, sowie Ärztinnen und Ärzten erstellt und besprochen.
Das für die Flüssigbiopsie benötigte Volumen ist abhängig von der Art der Probe. Für die blutbasierte Flüssigbiopsie werden 3x 10 ml empfohlen. Während es für z.B. Aszit mehr oder für Liquor weniger sein kann. Wenn Sie mehr als eine Option für die Tumorprobe haben, kontaktieren Sie uns bitte (tumor@cegat.de). Wir unterstützen Sie gerne bei der Auswahl der optimalen Probe für Ihre Patientin oder Ihren Patienten.
CancerDetect kann auch für nicht auf Liquid Biopsy basierende Ansätze eingesetzt werden. Bei Interesse kontaktieren Sie uns bitte unter Angabe Ihrer Fallbeschreibung.
Um die bestmögliche Flüssigbiopsie-Analyse anbieten zu können, hat CeGaT umfangreiche Flüssigbiopsie-Panels, die zellfreie DNA auswerten, etabliert und validiert. Unsere umfassende CancerPrecision®-Analyse hat das Potenzial, durch Flüssigbiopsie-Untersuchungen ein vollständiges genetisches Profil des Tumors der Patientin oder des Patienten zu erstellen und damit die behandelnde Ärztin sowie den behandelnden Arzt bei der Wahl der bestmöglichen Therapie zu unterstützen. Für diese Untersuchung ist ein Tumoranteil von mindestens 20% erforderlich. Da der Anteil an ctDNA unter 20% liegen kann, bietet CeGaT zudem ein UMI-basiertes Panel an, das Sequenzvarianten in den handlungsrelevanten, am häufigsten vorkommenden Treibermutationen mit einer Allelfrequenz über 0,25% nachweist. Dieser hochsensitive Nachweis tumorspezifischer Biomarker stellt ein hervorragendes Werkzeug zur Überwachung des Therapieansprechens und der minimalen Resterkrankung dar. Aufgrund der hohen Sensitivität des Ansatzes ist ein Versagen aufgrund eines geringen Tumorgehalts der Probe sehr viel unwahrscheinlicher.
Es werden alle relevanten Varianten in einem beschriebenen Exon analysiert. Die Nummerierung der Exons bezieht sich auf die kodierenden Exons des jeweiligen Gens (CDS). Die Diagnose ist nicht auf die aufgeführten Beispiel-Hotspot-Mutationen beschränkt. Nicht beschriebene Exons und alle Varianten darin sind kein Bestandteil der Analyse.
| Gene | NM_Nr. | Enriched region (incl. example hotspot (HS)-variants) |
|---|---|---|
| AKT1 | NM_005163 | Exon 2 (HS E17) |
| ALK | NM_004304 | Exons 21-25 (incl. HS F1174) |
| ARAF | NM_001654 | Exon 6 (HS S214) |
| BRAF | NM_004333 | Exons 11 and 15 (incl. HS V600) |
| CTNNB1 | NM_001904 | Exon 2 (incl. HS S37, S45) |
| EGFR | NM_005228 | Exons 18-21 (incl. HS E746_A750del, T790, L858) |
| ERBB2 | NM_004448 | Exon 8, 19-21 (incl. HS V842) |
| ERBB3 | NM_001982 | Exons 3, 6-9, 23 (incl. HS V104, E928) |
| ERBB4 | NM_005235 | Exon 12 (incl. HS E452) |
| ESR1 | NM_000125 | Exons 4-8 (incl. HS K303, Y537, D538) |
| FGFR2 | NM_000141 | Exons 6, 8, 11 (incl. HS S252, N549) |
| FGFR3 | NM_000142 | Exon 12 (HS V555) |
| GNA11 | NM_002067 | Exon 5 (HS Q209) |
| GNAQ | NM_002072 | Exon 5 (HS Q209) |
| GNAS | NM_000516 | Exon 8 (HS 201) and Exon 9 (HS Q227) |
| H3-3A | NM_002107 | Exon 1 (HS K27 and G34) |
| H3-3B | NM_005324 | Exon 1 (HS K37) |
| HRAS | NM_005343 | Exons 1-3 (incl. HS G12, Q61) |
| IDH1 | NM_005896 | Exon 2 (HS R132) |
| Gene | NM_Nr. | Enriched region (incl. example hotspot (HS)-variants) |
|---|---|---|
| IDH2 | NM_002168 | Exon 4 (HS R140, R172) |
| JAK2 | NM_004972 | Exon 12 (HS V617) |
| KIT | NM_000222 | Exons 9, 11, 13, 14, 17, 18 (incl. HS W557_K558del, D816) |
| KRAS | NM_004985 | Exons 1-3 (inkl. HS G12, Q61) |
| MAP2K1 | NM_002755 | Exon 3 (HS P124) |
| MET | NM_001127500 | Exon 18 (incl. HS Y1248, Y1253) |
| MYCN | NM_005378 | Exon 1 (HS P44) |
| NRAS | NM_002524 | Exons 1-3 (inkl. HS G12, Q61) |
| PDGFRA | NM_006206 | Exons 4, 9, 11, 13, 17 (incl. HS D842) |
| PIK3CA | NM_006218 | Exons 4, 7, 9, 13, 20 (incl. HS E542, E545, H1047) |
| PTEN | NM_000314 | Exons 5-7 (incl. R130, R233) |
| RAC1 | NM_018890 | Exon 2 (HS P29) |
| RAF1 | NM_002880 | Exon 6 (incl. HS S257, S259) |
| RET | NM_020975 | Exon 10, 11, 13-16 (incl. HS C634) |
| STAT5B | NM_012448 | Exon 15 (HS N642) |
| TERT | NM_198253 | Promotor HS c.-124 (C228), c.-146 (C250) |
| TP53 | NM_000546 | Gesamte kodierende Region |
Genetische Diagnostik in der Onkologie – Die Informationsgrundlage für Behandlungsentscheidungen
In dieser Webinar-Aufzeichnung erläutern unsere Spezialisten die Möglichkeiten und Grenzen der molekulargenetischen Tumordiagnostik. Dr. Dr. Saskia Biskup und Dr. Stefan Griesbach stellen aktuelle Ansätze aus dem Bereich der Präzisionsonkologie vor und zeigen, wie die genetische Diagnostik Sie dabei unterstützt, die bestmögliche Therapie für Ihre Patientinnen und Patienten zu finden (englischsprachig).
Liquid Biopsy in Genetic Tumor Diagnostics –
CancerDetect
In der Präzisionsonkologie ist die Genotypisierung des Tumors ein sehr wichtiger diagnostischer Schritt, um Entscheidungen über die Behandlung zu treffen. Es kann jedoch schwierig oder unmöglich sein, eine Tumorprobe zu erhalten, zum Beispiel bei inoperablen Tumoren oder schlechtem Zustand des Patienten. Unsere Kollegin Dr. Olga Rataj erklärt, wie wir dieses Problem mit CancerDetect angehen.
Wir unterstützen Sie auf Wunsch bei der Auswahl der besten, diagnostischen Strategie – für jede einzelne Patientin und jeden einzelnen Patienten.
