Die Microarray-Analyse/Array-CGH stellt eine leistungsfähige methodische Weiterentwicklung der klassischen Zytogenetik dar und dient wie diese dem Nachweis von Verlust oder Zugewinn genomischer Bereiche. Liegt die Auflösungsgrenze der konventionellen Zytogenetik bei ca. 5Mb, so können mittels Microarrays/Array-CGH genomische Imbalancen mit einer Auflösung von <100kb nachgewiesen werden. Durch die Verwendung von speziellen Array-Designs kann sogar eine Auflösung von <200bp für ausgewählte Zielregionen erreicht werden.
Bei der Array-CGH (Array-based Comparative Genomic Hybridization) wird Patienten-DNA und eine Referenz-DNA mit unterschiedlichen Fluoreszenz-Farbstoffen markiert und auf einem Trägerchip mit immobilisierten DNA-Fragmenten („Probes“ oder Sonden) cohybridisiert. Diese Sonden decken das menschliche Genom möglichst gleichmäßig ab. Numerische Veränderungen führen zu einer Farbverschiebung des Fluoreszenzsignals für die einzelnen Sonden. Diese Signale werden mittels eines Laserscanners erfasst und mit einer entsprechenden Software der jeweiligen Genregion zugeordnet und dargestellt („molekulares Karyotyping“).
Bei der CeGaT können alle erhältlichen Arrayformate der Firma Agilent prozessiert, analysiert und befundet werden. In der Routine verwenden wir den Agilent 180K Array mit einer diagnostischen Auflösung von <100kb.
Nach Rücksprache besteht außerdem die Möglichkeit individuelle hochauflösendere Arrays zu analysieren.
Die Durchführung einer Array-CGH-Untersuchung ist indiziert wenn es sich um eine seltene Erkrankung mit einer Prävalenz von unter 5 in 10.000 handelt.
Darüber hinaus kann eine Array-CGH-Untersuchung bei folgenden Fragestellungen sinnvoll sein:
- Genauere Charakterisierung bei zytogenetisch nachgewiesenen Aberrationen
- Überprüfung von balanziert erscheinenden Aberrationen bei klinisch auffälligen Patienten
- Charakterisierung von genomischen Rearrangements
- Als ergänzende Untersuchung zu molekulargenetischen Verfahren (z.B. weiterführende Charakterisierung von MLPA-Befunden; Validierung von NGS-Ergebnissen)
- 3-5 ml EDTA-Blut oder 5 µg genomische DNA
- CeGaT Einsendeformular inkl. schriftliche Einverständniserklärung nach GenDG
Dauer der Untersuchung: 2-4 Wochen