Liquid Biopsies – CeGaTs CancerDetect-Panel ermittelt selbst kleinste Mengen zellfreier Tumor-DNA

CeGaT eröffnet mit dem CancerDetect-Panel eine neue Möglichkeit der molekulargenetischen Tumoranalyse. CeGaTs neues, hoch sensitives Liquid-Biopsy-Panel detektiert Varianten ab einer NAF (novel allele frequency) von 0,25 % und weist damit selbst kleinste Mengen zellfreier Tumor-DNA nach. Das CancerDetect-Panel ermittelt Varianten, die als Treibermutationen in 36 Genen bekannt und für ein breites Spektrum an Tumorentitäten relevant sind. Durch die unkomplizierte Probenentnahme eignet sich CeGaTs CancerDetect-Panel vor allem zum Monitoring eines Krankheitsverlaufs unter Therapie und zur Nachkontrolle einer Tumorerkrankung zusätzlich zu den bildgebenden Verfahren.

Eine molekulargenetische Tumordiagnostik ermittelt standardmäßig das genetische Profil des Tumorgewebes. Das dafür benötigte Tumorgewebe muss in der Regel invasiv entnommen werden (Biopsie oder Operation). Für einige Patientinnen und Patienten kann dieser Eingriff sehr riskant oder gar nicht durchführbar sein. Auch in diesen Fällen bietet die Liquid-Biopsy-Analyse einen Lösungsansatz, da lediglich eine Blutprobe benötigt wird.

CeGaT ist in der Lage, mit dem CancerDetect-Panel Varianten in den angereicherten Zielregionen ab einer Allelfrequenz von 0,25 % zu detektieren. Dies ist extrem sensitiv. Möglich wird die Sensitivität durch eine neue UMI-basierte (unique molecular identifier) Methode und eine sehr tiefe Sequenzierung.

Fallbeispiel: CeGaTs CancerDetect-Panel hilft Patientinnen und Patienten mit nicht biopsierbaren Tumoren bei der Therapiefindung.

Dank des hochsensitiven CancerDetect-Panels konnten bei einer 42-jährigen Patientin mit nicht-kleinzelligem Lungenkarzinom und einem zellfreien Tumor-DNA Anteil im Blut von weniger als 2 %, therapierelevante Varianten gefunden werden. Die Untersuchung mit CeGaTs CancerDetect-Panel hat eine aktivierende EGFR missense Variante mit einer Allelfrequenz von 1,4 % ergeben. Auf Basis dieses Ergebnisses konnte die Patientin die Behandlung mit Osimertinib (Handelsname Tagrisso) beginnen.

Real-Time Monitoring durch CancerDetect

Die Entnahme einer Blutprobe für eine Liquid Biopsie kann unkompliziert und wiederholt durchgeführt werden. Daher eignet sich CeGaTs CancerDetect-Panel zur Überwachung und Nachsorge von Krebspatientinnen und Krebspatienten. Ein erneutes Auftreten eines Tumors oder eine Metastase können durch engmaschige Analysen in einem frühestmöglichen Stadium detektiert werden. Zudem unterstützt CeGaTs CancerDetect-Panel Ärztinnen und Ärzte dabei, Resistenzen durch subklonale Mutationen frühzeitig zu erkennen und die Behandlung rechtzeitig anzupassen.

Unser Ziel ist es, eine umfassende Diagnostik, die auf den neuesten Forschungsergebnissen basiert, zugänglich zu machen und daraus resultierend eine qualitativ hochwertige und stets aktuelle Grundlage für Therapieentscheidungen anzubieten.

Gerne beantworten wir Ihre Fragen unter tumor@cegat.de.

Fusionstranskript-Analyse: CeGaT ermöglicht eine neue Dimension der Tumor-Diagnostik

Die CeGaT GmbH erweitert ihre Tumordiagnostik um ein neues Panel zur Detektion von Gen-Fusionen auf RNA-Ebene. Damit leistet CeGaT einen wichtigen Beitrag zur Wahl des besten Therapieansatzes. Die Fusionstranskript-Analyse ermöglicht den Nachweis von vordefinierten relevanten Fusionen sowie von Gen-Fusionen, deren genaue Partner oder Fusionsbruchpunkte unbekannt sind. Unser neuester hochempfindlicher RNA-basierter Analyseansatz entdeckt wesentlich mehr klinisch relevante Fusionen als DNA- oder Gesamt-Transkriptomanalysen.

Vor allem das Forschungsfeld der Genfusionen in soliden Tumoren hat in den letzten Jahren sowohl im diagnostischen Bereich als auch im therapeutischen Bereich stark an Bedeutung gewonnen. So gibt es beispielsweise hochwirksame Medikamente für Patientinnen und Patienten mit NTKR-Fusionen. Das Medikament Larotrectinib war das erste Krebsmedikament, das unabhängig von der Tumorentität für alle Tumore mit NTKR1-Fusionen zugelassen wurde.

Die CeGaT hat deshalb eine diagnostische RNA-basierte Fusionstranskript-Analyse entwickelt. Diese ermöglicht den Nachweis von Genfusionen und ausgewählten intragenen Strukturvarianten, welche die Tumorentwicklung und die damit einhergehenden Behandlungsentscheidungen beeinflussen können.

Die Fusionstranskript-Analyse ermöglicht den Nachweis von therapierelevanten strukturellen Veränderungen, die ohne diese Analyse oft nicht detektiert werden können.

Der CeGaT ist es gelungen eine Anreicherung zu designen, mit der Fusionstranskripte auf RNA-Ebene gezielt nachgewiesen werden. Durch die Anreicherung von therapierelevanten Transkripten zeigt sich die CeGaT Fusionstranskript-Analyse sensitiver als die gesamt RNA-Untersuchung oder die Analyse der Tumor-DNA und hat somit eine höhere klinische Relevanz. Durch den Nachweis von Fusionen auf RNA-Ebene wird zudem gezeigt, dass das Fusionsgen auch transkribiert wird.

Die Fusionstranskript-Analyse der CeGaT auf RNA-Basis umfasst:

  • 106 Gene für die eine Fusion auch mit einem unbekannten Partner detektiert wird
  • 85 gezielte Bruchpunktanreicherungen bekannter und beschriebener Fusionen
  • 5 spezifische therapierelevante Transkript-Varianten

Die Fusionstranskript-Analyse auf RNA-Basis entdeckt wesentlich mehr klinisch relevante Fusionen als DNA- oder Gesamt-Transkriptomanalysen.

Die Fusionstranskript-Analyse ist den DNA-basierten Detektionsmethoden, sowie Ansätzen, die auf Untersuchungen der gesamten RNA beruhen, deutlich überlegen. Um ein möglichst vollständiges Verständnis des genetischen Aufbaus des Tumors zu erhalten und damit die bestmögliche Therapieentscheidung treffen zu können, empfiehlt es sich dringend, die genetische Tumordiagnostik um die Fusionstranskript-Analyse zu erweitern.

CeGaT‘s Vision ist es, eine umfassende Diagnostik basierend auf den neusten Forschungsergebnissen zugänglich zu machen und daraus resultierend eine qualitativ hochwertige und stets aktuelle Grundlage für Therapieentscheidungen anzubieten. Um die hohe Qualität und Flexibilität zu gewährleisten, werden bei der CeGaT alle Schritte im eigenen Haus durchgeführt.

Weitere Informationen zur Fusionstranskript-Analyse finden Sie hier.

Update und Erweiterung der Tumordiagnostik

Die Diagnostik am Tumorgewebe hat einen zunehmend relevanten Stellenwert in der Versorgung von Patienten mit Tumorerkrankungen. Je umfassender die Diagnostik durchgeführt werden kann, desto schneller erhalten die behandelnden Ärzte alle für die Therapieentscheidung relevanten Informationen. Zeit spielt eine wesentliche Rolle für den Patienten, zudem muss höchstmögliche Qualität gewährleistet sein.

Die CeGaT verfügt über langjährige Erfahrung im Bereich der Tumodiagnostik. Sie hat nun basierend auf den neuesten wissenschaftlichen Erkenntnissen das umfassende Panel für somatische Tumordiagnostik (TUM) erweitert und optimiert. Mit dem Panel werden somatische Veränderungen im Tumorerbgut identifiziert, die für jeden Tumor anders sind und die die Effektivität von Medikamenten sowie Medikamentenresistenz massgeblich beeinflussen. Die Erkenntnisse aus der somatischen Tumordiagnostik sind für eine zielgerichtete Behandlung die Grundvoraussetzung.

Maximal viel Information über den Tumor mit einem Test

Das somatische Tumorpanel der CeGaT umfasst nun 766 Gene auf 2,25Mb kodierender Sequenz (1Mb = 1 Megabase = 1 Millionen Positionen Erbgut). Sequenziert werden Tumor- und Normalgewebe parallel (2X 2,25Mb). Um auch subklonale Varianten nachzuweisen, zum Beispiel auch aus einer Liquid Biopsy, sequenzieren wir mit einer hohen durchschnittlichen Sequenziertiefe (500-1,000x). Für den behandelnden Arzt und auch die interdisziplinären Tumorkonferenzen sind vor allem Keimbahnveränderungen in DNA-Reparaturgenen (Mismatch- und Homologe Rekombinations-Defizienz), Tumormutationslast (TMB = Tumor Mutational Burden), HRD (Homologe Rekombinations-Defizienz) im Tumor, Treiberfusionen, Kopienzahlveränderungen und Treibermutationen von höchster Relevanz.

Unseres Wissens nach gibt es aktuell keine diagnostisch sensitivere und umfassendere Tumordiagnostik. Wir wollen für unsere Patienten und kooperierenden Ärzte das beste Produkt auf dem Markt anbieten. Wir haben dabei den höchsten Anspruch und sind nicht nur national (durch die DAkkS) sondern auch international (durch CAP/CLIA) akkreditiert.

Untersuchung auf Erblichkeit der Tumorerkrankung und Pharmakogenetik ist zentraler Bestandteil unserer Diagnostik

Der Nachweis von vererbten und damit möglicherweise krankheitsursächlichen Varianten in den von uns untersuchten Genen ist für Therapieentscheidung und auch Begleitung der betroffenen Patienten essentiell. Nachsorge kann auch Vorsorge bedeuten und muss rechtzeitig erkannt werden. Jeder fünfte Tumor entsteht auf der Grundlage einer ererbten Prädisposition. Dieses Wissen ist für die Therapie der Betroffenen ebenso relevant wie für die prädiktive Diagnostik bei gesunden Familienangehörigen.

Weiterhin werden Gene analysiert, die für die Verstoffwechselung von Medikamenten von unmittelbarer Bedeutung sind (Pharmakogenetik, PGX). Hierbei können Varianten zu stark erhöhter Toxizität von Medikamenten führen. Dies sollte vor Beginn einer Therapie erkannt werden, um dem Patienten erhebliche Nebenwirkungen zu ersparen. Zeigen sich therapierelevante Veränderungen in PGX-Genen, werden diese im medizinischen Bericht aufgeführt.

Option auf erweiterten medizinischen Bericht mit klinischen Studien und Re-Evaluation

Die CeGaT bietet neben einem komprimierten Alles-auf-einen-Blick-Befund auch eine umfangreichere Version des Befundes an. In dieser Fassung geben wir Auskunft über die biologische Funktion und Prävalenz der entdeckten Varianten sowie eine detaillierte Beschreibung von möglichen Behandlungsoptionen, Kombinationstherapien und eventuellen Resistenzmechanismen. Ergänzt wird der Bericht um eine individualisierte Liste mit in Frage kommenden FDA- und EMA-zugelassenen Medikamenten.

CeGaTs Diagnostik beinhaltet zudem die jederzeit anfragbare kostenlos verfügbare regelmäßige Neubewertung unserer Befunde vor dem Hintergrund neuer wissenschaftlicher Erkenntnisse oder neu zugelassener Medikamente, sowie die Re-Evaluation von Varianten unklarer klinischer Signifikanz (VUS), um die Betreuung der Familien auch im Verlauf zu gewährleisten und auch um perspektivisch die diagnostische Klärungsrate weiter zu steigern.

Für weitere Informationen stehen wir Ihnen gern in einem persönlichen Gespräch oder unter sales@cegat.de zur Verfügung. Unsere Diagnostik kann hier angefordert werden.

CeGaT’s Genetic Tumor Diagnostics: Significantly Enhanced Medical Reporting

CeGaT has updated its Somatic Tumor Panel: Sequencing of 742 genes in tumor and normal tissue, reporting of treatment option, TMB and MSI determination, illustration of tumor-relevant signaling pathways. This helps physicians to identify the best therapeutic strategy.

Every tumor has an underlying genetic cause: a unique set of mutations that help the tumor to survive, reducing its sensitivity to treatment and developing resistance against drugs. Knowing a tumor’s mutations helps to identify promising therapeutic strategies and to avoid ineffective treatment options with their associated side effects. The goal of our Somatic Tumor Panel is to analyze all genes known to be involved in the development and progression of a tumor and to make this information accessible by means of a comprehensive and actionable medical report.

Our medical report on somatic tumor mutations features a wide range of analyses that offer physicians a detailed understanding of the molecular changes within the tumor cells. All our analyses are designed to assist the treating oncologist to choose an individualized treatment for each patient:

  • Treatment options

Our comprehensive medical report describes which of the tumor’s somatic mutations have potential therapeutic relevance. We list all treatment options.

  • TMB/MSI determination

Reliable determination of tumor mutational burden (TMB) and microsatellite instability (MSI) is a basis for a decision on immunotherapies with checkpoint inhibitors.

  • Illustration of tumor-relevant signaling pathways

Understanding altered signaling in the tumor helps to find its vulnerabilities and allows to identify the tumor’s possible bypass strategies.

We continuously update our panel according to recent scientific publications. For this update 32 genes have been added. We now analyze 742 tumor associated genes and selected translocations in 31 genes.

To ensure the highest sensitivity, specificity, and accuracy, we base our analysis on tumor and matching normal tissue. Only this approach guarantees accurate results. To maximize diagnostic yield, we include the analysis of single nucleotide variants (SNVs), insertions and deletions (INDELs), and copy number variants (CNVs).

We also offer a liquid biopsy option: Liquid biopsy is a useful method to access tumor tissue if it is not possible to obtain tumor tissue through surgery.

Sequencing, bioinformatic analysis and scientific interpretation are all done in-house by our specialized team. Our laboratory is fully accredited according to CAP, CLIA and DIN EN ISO 15189:2014.

For any questions please contact our team at sales@cegat.de. The somatic tumor analysis can be ordered here.

Tumor-Immunonkologie als eigenständige Analyse mit den Biomarkern Tumormutationslast (TMB) und Mikrosatelliteninstablilität (MSI)

Die CeGaT bietet ab sofort die Analyse der Tumormutationslast (TMB) und Mikrosatelliteninstablilität (MSI) als eigenständige Analyse an. Das diagnostische Portfolio der genetischen Tumor-Diagnostik wird damit um die spezifische genetische Grundlage für die Therapieentscheidung  einer Immuntherapie mit Immun-Checkpoint-Inhibitoren erweitert.

Die Immuntherapie hat sich in den vergangenen Jahren zu einer wichtigen und vielversprechenden Behandlungsmöglichkeit von Tumorpatienten entwickelt. Die Behandlung mit Immun-Checkpoint-Inhibitoren ist bereits eine häufige Therapieempfehlung des Molekularen Tumor-Boards des Universitätsklinikums Tübingen. Die Relevanz für die Medizin und Gesellschaft hat auch das Nobelpreiskommitee honoriert, das den diesjährigen Nobelpreis für Medizin an James P. Allison und Tasuku Honjo vergeben hat. Beide Wissenschaftler wurden für Ihre Entdeckung der Krebstherapie durch Hemmung der negativen Immunregulation ausgezeichnet.

Die CeGaT GmbH unterstützt Onkologen dabei, diese innovative Therapieoption im klinischen Alltag anzuwenden. Bisher stand die TMB-Analyse, die bereits seit 2017 Anwendung findet, ausschließlich im Rahmen des Somatischen Tumor-Panels zur Therapieentscheidung zur Verfügung. Durch die Abkoppelung der TMB-Analyse ist diese spezialisierte Diagnostik jetzt schneller, kosteneffizient und in gewohnt hoher Qualität verfügbar.

TMB als prädiktiver Tumormarker für die Immunonkologie

Der Nutzen einer Immuntherapie mit Immun-Checkpoint-Inhibitoren ist unbestreitbar, die Erfolgsraten variieren jedoch stark. Trotz gleicher Diagnose sprechen einzelne Patientengruppen besser auf die Immuntherapie an als andere. Diese anhand von Biomarkern zu identifizieren, ist daher von großer Relevanz. Einer dieser Biomarker ist die Tumormutationslast („tumor mutational burden“, TMB).

Der TMB-Wert erweist sich in einer wachsenden Zahl von Studien als guter Marker, um Tumorpatienten zu stratifizieren und ist als Anzahl somatischer Mutationen pro Megabase (mut/Mbp) definiert. Ein hoher TMB-Wert ist mit einem wahrscheinlicheren Therapieansprechen mit Immun-Checkpoint-Inhibitoren assoziiert. Eine qualitativ hochwertige Bestimmung des TMB stellt die genetische Grundlage dieser Therapieentscheidung dar und sollte in der Tumordiagnostik als Teil der Routinediagnostik betrachtet werden.

Die TMB-Analyse der CeGaT ist ab sofort erhältlich und kann hier angefordert werden:

Tumor-immunonkologische Analyse (TMB und MSI)

Für weitere Informationen zur TMB-Analyse stehen wir Ihnen unter sales@cegat.de beratend zur Seite.