Neue Tech-Note: Entdecken Sie die Möglichkeiten der RNA-Sequenzierung, abgestimmt auf Ihre Bedürfnisse

Die Transkriptom-Sequenzierung ist eine hoch sensitive Methode, um kodierende sowie nicht-kodierende RNAs eines Organismus, Gewebes oder einer Zellkultur zu analysieren. Um Sie bei der Suche nach der besten Lösung für Ihr Forschungsprojekt oder Ihre klinische Studie zu unterstützen, haben wir unsere neueste Tech Note veröffentlicht. Erfahren Sie, wie Sie von unserem Arbeitsablauf, der speziell für die Bedürfnisse unserer Kundinnen und Kunden entwickelt wurde, profitieren.

Das Transkriptom umfasst alle RNAs, die in einem Organismus oder einer Zelle zu einem bestimmten Zeitpunkt transkribiert werden. Das Transkriptom kann durch den Stoffwechsel oder durch äußere Faktoren, wie Medikamente oder Krankheiten, beeinflusst werden. Je nach Versuchsaufbau oder Forschungsziel kann die Gesamt-RNA oder die Boten-RNA (mRNA) sequenziert werden. Neben gängigen Spezies wie Mensch, Ratte und Maus sequenzieren wir auch das Transkriptom von Pflanzen, Pilzen, Bakterien, Viren, Insekten, Fischen und vielen anderen Spezies. Wir verarbeiten gereinigte RNA, Gewebe oder Zellen. Unsere neueste Tech Note führt Sie durch CeGaTs Transkriptom-Portfolio und hilft Ihnen, die beste Lösung für Ihr Projekt zu finden.

Sequenzierung des kodierenden Transkriptoms zur Quantifizierung und Analyse der differentiellen Genexpression

Nur etwa 1-5% des Transkriptoms entsprechen der Boten-RNA (mRNA). Das erfordert qualitativ hochwertige RNA aus Zellen, Pflanzen oder frischem, beziehungsweise gefrorenem Gewebe. Eine Polyadenylierung am 3′-Ende der mRNA findet sich bei den meisten Eukaryoten und wird verwendet, um die mRNA aus der Gesamt-RNA herauszulösen. Diese mRNA-Anreicherung führt zu einer erhöhten Sequenzierungstiefe. Selbst gering exprimierte oder seltene Transkripte können dadurch erkannt werden. Die kodierende Transkriptom-Sequenzierung (mRNA-Sequenzierung) wird häufig zur Quantifizierung der Genexpression und zur Analyse der differentiellen Genexpression verwendet.

Sequenzierung des gesamten Transkriptoms ermöglicht einen genomweiten Überblick

Die Gesamtheit der kodierenden RNA sowie eine Vielzahl verschiedener nicht-kodierender RNAs bilden die Gesamt-RNA. Da die ribosomale RNA den größten Teil der Gesamt-RNA ausmacht, empfehlen wir eine rRNA-Abreicherung, bevor wir mit der Vorbereitung der Sequenzierbibliothek beginnen. Zur Erzielung der bestmöglichen Ergebnisse bietet CeGaT verschiedene Kits für unterschiedliches Probenmaterial an. Gesamt-RNA kann aus Blut, Zellen, Gewebe sowie frisch eingefrorenem Gewebe gewonnen werden. Zudem verfügt CeGaT über spezielle Kits, die mit FFPE-eingebettetem Gewebe umgehen können. Die Analyse der gesamten RNA ermöglicht einen genomweiten, umfassenden Überblick über das Transkriptom eines Organismus oder einer Zelle, zur Untersuchung von Introns, Exons oder Spleißmechanismen.

Unser Ziel ist es, die beste Lösung für die Anforderungen unserer Kundinnen und Kunden zu bieten. CeGaTs Transkriptom-Sequenzierservice bietet zuverlässige und präzise Einblicke in die RNA – von der Extraktion bis zur Datenanalyse. Durch unsere langjährige Expertise im diagnostischen Bereich profitieren unsere Kundinnen und Kunden von strengen Qualitätskontrollstandards und damit von hochwertigen Ergebnissen.

Alle Sequenzierdaten werden bei uns im Haus gespeichert und von unserer hauseigenen Bioinformatik verarbeitet. Wir bieten Ihnen ausgereifte Lösungen für Ihre Bedürfnisse und verschiedene Möglichkeiten des Datentransfers. Unser umfassender Projektbericht wird mit jedem Sequenzierauftrag von Ihrem persönlichen Ansprechpartner bei CeGaT an Sie übergeben.

Für weitere Informationen stehen wir Ihnen unter rps@cegat.com gerne beratend zur Seite.

Tech Note Transkriptom-Sequenzierung

Liquid Biopsies – Nutzen Sie das Potenzial von cfDNA mit CeGaTs neuem NGS basierten Produktportfolio

CeGaT erweitert das Liquid-Biopsy-Produktportfolio um zwei UMI (Unique Molecular Identifier) basierte NGS Analysen. Unser umfängliches Liquid-Biopsy-Produktportfolio bietet Ihnen für jede klinische Fragestellung die richtige Herangehensweise. CeGaTs LB Focus-Panel ermittelt Varianten, die als Treibermutationen in 36 Genen bekannt und für ein breites Spektrum an Tumorentitäten relevant sind. LB Exploratory umfasst die Analyse von 523 Genen mittels TSO500 ctDNA Assay von Illumina. Beide Produkte ermöglichen eine hoch sensitive Detektion von Varianten in der zirkulierenden Tumor-DNA (ctDNA) mit einer Sensitivität von 0.25% bzw. 0.5% NAF (novel allele frequency).

Die minimal invasive Analyse des genetischen Profils eines Tumors wird als „Liquid Biopsy“ bezeichnet. Die Entnahme der dafür benötigten Blutprobe kann unkompliziert und wiederholt durchgeführt werden. Aufgrund der kurzen Halbwertszeit der zirkulierenden zellfreien DNA (cfDNA) liefert diese Methode ein gegenwärtiges Bild des Tumorgeschehens. Liquid Biopsies stellen somit eine optimale Ergänzung oder Alternative zur molekulargenetischen Tumordiagnostik auf Basis von Tumorgewebe dar.

Liquid-Biopsy-Analysen können vielfältig angewendet werden:

  • Monitoring eines Krankheitsverlaufs unter Therapie
  • Nachkontrolle einer Tumorerkrankung (zusätzlich zu den bildgebenden Verfahren)
  • Detektion von minimalen Resterkrankungen nach einer Operation
  • Patientenstratifikation
  • frühe Erkennung und Charakterisierung von Therapieresistenzen

Durch das umfangreiche Liquid-Biopsy-Produktportfolio ist CeGaT in der Lage Ihre Projekte, unabhängig von der klinischen Fragestellung, optimal zu unterstützen. Profitieren Sie vom Potenzial unseres Liquid-Biopsy-Produktportfolios:

  • LB Target: Gezielte Varianten des Tumors können mit digitaler droplet PCR (ddPCR) während des Therapieverlaufs verfolgt werden.
  • LB Focus: CeGaTs LB Focus-Panel ermöglicht die hoch-sensitive Überwachung und Nachsorge von Tumorpatientinnen und Tumorpatienten während und im Anschluss an eine Therapie.
  • LB Exploratory: bietet eine umfangreiche Charakterisierung des genetischen Profils des Tumors. Zudem werden wichtige immun-onkologische Biomarker wie der TMB-Wert (Tumor Mutational Burden) ermittelt.
  • LB Flex: Mit LB Flex haben Sie die Möglichkeit das gesamte Exom der cfDNA oder ein beliebiges CeGaT-Panel zu analysieren.

Gerne unterstützen wird Sie bei der Planung und besprechen alle Optionen für Ihre klinische Studie oder Ihr Forschungsprojekt. Profitieren Sie von unserer langjährigen Erfahrung im Bereich NGS und Diagnostik und den strikten Qualitätskriterien, sowie unserem angewandten Wissen.

Für weitere Informationen stehen wir Ihnen unter rps@cegat.com gerne beratend zur Seite.

Zu unserem Liquid-Biopsy-Produktportfolio

Aufzeichnung Webinar mit Hamilton Robotics zum Thema “Automatisierung von NGS-Workflows für Präzisionsmedizin im Bereich der Onkologie“

Präzisionsmedizin hat in den letzten Jahren stark an Bedeutung gewonnen, besonders in der Behandlung von Krebspatientinnen und Krebspatienten. Die Verfügbarkeit von NGS-Technologien ermöglicht es, die Forschung und Behandlungsmöglichkeiten auf dem Gebiet maßgeblich weiter voranzutreiben.

Gegenstand dieses Webinars sind CeGaTs Erfahrungen bei der Automatisierung von NGS-Workflows für die personalisierte Medizin im Bereich der Onkologie. Erfahren Sie mehr über unsere Motivation und unsere Vorgehensweise bei der Automatisierung unserer library preparation workflows und lernen Sie die neuesten Trends und Entwicklungen im Bereich der Präzisionsmedizin kennen. Anhand praxisbezogener Beispiele stellen wir die Bedeutung und die Möglichkeiten von NGS in diesem Kontext dar. Erfahren Sie mehr in unserem Webinar mit Hamilton Robotics vom 6. Mai 2021.

Referenten & Inhalte

Dr. Elisabeth Maritschnegg, Produktmanagerin Onkologie bei der CeGaT GmbH
Dr. Gabriela Boza-Moran, Managerin für wissenschaftliche Inhalte bei Hamilton Robotics

Dr. Elisabeth Maritschnegg erläutert die Gründe für die Notwendigkeit der Automatisierung von CeGaTs NGS-Workflows und die daraus resultierenden Vorteile. Darüber hinaus wird sie anhand von Fallbeispielen veranschaulichen, welche Möglichkeiten NGS-Analysen im Bereich Präzisionsmedizin bieten, und welche Einblicke dadurch gewonnen werden können.

Dr. Gabriela Boza-Moran stellt einige kommerzielle Lösungen vor, die Hamilton Robotics ihren Kunden für den Einsatz von NGS in Studien der Präzisionsmedizin-Onkologie anbieten kann.

Webinar anschauen

Sollten Sie Fragen haben, zögern Sie bitte nicht, uns unter rps@cegat.com zu kontaktieren.

Gerne besprechen wir mit Ihnen alle Optionen für Ihre klinische Studie oder Ihr Forschungsprojekt. Mehr Informationen zum  Research and Pharma Solutions Portfolio finden Sie hier.

Webinar mit Hamilton Robotics zum Thema „Automatisierung von NGS-Workflows für Präzisionsmedizin im Bereich der Onkologie“

Präzisionsmedizin hat in den letzten Jahren stark an Bedeutung gewonnen, besonders in der Behandlung von Krebspatientinnen und Krebspatienten. Die Verfügbarkeit von NGS-Technologien ermöglicht es, die Forschung und Behandlungsmöglichkeiten auf dem Gebiet maßgeblich weiter voranzutreiben.

Wir laden Sie ein, an einem gemeinsamen Webinar von CeGaT und Hamilton Robotics teilzunehmen. Gegenstand des Webinars sind CeGaTs Erfahrungen bei der Automatisierung von NGS-Workflows für die personalisierte Medizin im Bereich der Onkologie. Wir geben Ihnen einen Einblick in unsere Motivation und unsere Vorgehensweise bei der Automatisierung unserer library preparation workflows und zeigen neueste Trends und Entwicklungen im Bereich der Präzisionsmedizin auf. Anhand praxisbezogener Beispiele werden wir die Rolle und Möglichkeiten von NGS in diesem Kontext darstellen. Melden Sie sich jetzt für unser kostenloses Webinar am 6. Mai um 16:00 Uhr MEZ an.

Referenten & Inhalte

Dr. Elisabeth Maritschnegg, Produktmanagerin Onkologie bei der CeGaT GmbH

Dr. Elisabeth Maritschnegg erläutert die Gründe für die Notwendigkeit der Automatisierung von CeGaTs NGS-Workflows und die daraus resultierenden Vorteile. Darüber hinaus wird sie anhand von Fallbeispielen veranschaulichen, welche Möglichkeiten NGS-Analysen im Bereich Präzisionsmedizin bieten, und welche Einblicke dadurch gewonnen werden können.

Dr. Gabriela Boza-Moran, Managerin für wissenschaftliche Inhalte bei Hamilton Robotics

Dr. Gabriela Boza-Moran stellt einige kommerzielle Lösungen vor, die Hamilton Robotics ihren Kunden für den Einsatz von NGS in Studien der Präzisionsmedizin-Onkologie anbieten kann.

Wir würden uns freuen, Sie in unserem Webinar am Donnerstag, 6. Mai 2021, 16:00 Uhr MEZ begrüßen zu dürfen.

Sollten Sie vorab Fragen haben, zögern Sie bitte nicht, uns unter rps@cegat.com zu kontaktieren.

Gerne besprechen wir mit Ihnen alle Optionen für Ihre klinische Studie oder Ihr Forschungsprojekt. Mehr Informationen zum  Research and Pharma Solutions Portfolio finden Sie hier.