CeGaT Molekularpathologie-Panel zur gezielten Identifikation von therapierelevanten Genmutationen in soliden Tumoren

Es ist zunehmend unerlässlich, mit höchster Präzision therapierelevante genetische Veränderungen schnell, kosteneffizient und unter Einhaltung internationaler Qualitätsstandards zu identifizieren. Mit der Kenntnis dieser tumorspezifischen Mutationen lässt sich der Tumor besser und gezielt bekämpfen: Nicht wirksame Therapien und deren Nebenwirkungen werden vermieden und neue Behandlungsoptionen eröffnet.

„Für diese klinischen Anforderungen haben wir in Kooperation mit Onkologen und Pathologen ein Molekularpathologie-Panel entwickelt, in das die langjährige Expertise der CeGaT in Bezug auf die Anreicherung relevanter genomischer Bereiche eingeflossen ist. Mit dem CeGaT Molekularpathologie-Panel werden die häufigsten Tumorentitäten abgebildet. Technisch anspruchsvolle Tumorproben (Liquid Biopsy, geringe Anzahl an Tumorzellen, FFPE Gewebe) können untersucht werden. Der Anteil der Tumorproben, die technisch bedingt ausfallen liegt bei uns bei unter 2%. Dem behandelnden Onkologen ist es daher möglich, schnell und effizient Ergebnisse zu erhalten. Der Befund unterstützt die behandelnden Kollegen bei der Auswahl einer zielgerichteten Therapie.“ sagt Dr. med. Dr. rer. nat. Saskia Biskup, Geschäftsführerin der CeGaT.

Das Molekularpathologie-Panel der CeGaT umfasst die folgenden Tumorentitäten:

  • Brust-, Ovarial- und Pankreaskarzinome (10 Gene, SSP05): BRCA1/2, ATM, CDH1, CHEK2, PTEN, PALB2, RAD51C, RAD51D, TP53
  • Melanome (4 Gene, PAT01): BRAF Exons 11, 15, V600; NRAS Exons 2-4; KIT Exons 9, 11, 13, 14, 17, 18; TP53
  • Kolonkarzinome (5 Gene, PAT02): BRAF Exons 11, 15, V600; KRAS Exons 2-4; NRAS Exons 2-4, PIK3CA Exons 9, 20; TP53
  • Lungentumore (7 Gene, PAT03): BRAF Exons 11, 15, V600; EGFR Exons 18-21, KRAS Exons 2-4; ERBB2: (HER2) Exon 20; MET Exon 13, PIK3CA Exons 9, 20; TP53, ALK-EML4; Translokation, ROS1 Translokation
  • Gastrointestinale Stromatumore (4 Gene, PAT04): BRAF Exons 11, 15, V600; PDGFRA Exons 12, 14, 18; KIT Exons 9, 11, 13, 14, 17, 18; TP53
  • Glioblastome (8 Gene, PAT05): BRAF Exons 11, 15, V600; IDH1 Exon 2; IDH2 Exon 4; PIK3CA Exons 9, 20; TP53; TERT Hotspots im Promotor; H3F3A, HIST1H3B
  • Mikrosatelliten-Instabilität (MSI) via PCR: (Marker: BAT25, BAT26, NR21, NR22, NR27)

Das Molekularpathologie-Panel ist ab sofort verfügbar und kann hier angefordert werden. Sollten Sie weitere Fragen haben, kontaktieren Sie uns unter sales@cegat.de.

Ziliopathien: Umfassendes Panel Update

Basierend auf aktuellen wissenschaftlichen Erkenntnissen haben wir unser Panel für genetische Ziliopathien (CIL) aktualisiert. Es liegt jetzt in der neunten Version vor.

Insgesamt wurde das Panel auf 90 Gene erweitert. Damit wird die Wahrscheinlichkeit, die kausale Variante zu finden, erhöht. Das Panel für Ziliopathien umfasst die folgenden Gensets:

  • Primäre Ciliäre Dyskinesie
  • Joubert-Syndrom
  • Bardet-Biedl-Syndrom
  • Senior-Loken-Syndrom

Dieses Panel deckt über 99,9% der Zielregion bei mindestens 30x ab, während die durchschnittliche Abdeckung bei über 900x liegt.

Die Gene aus den oben genannten Gensets werden im Großpanelansatz analysiert. Dies eröffnet dem behandelnden Arzt sämtliche differentialdiagnostischen Optionen: Wir sequenzieren stets alle 90 Gene des Panels, fokussieren unsere Analyse dabei auf das angeforderte Genset. Sollte die krankheitsverursachende Mutation nicht in der initialen Analyse identifiziert werden, können wir die Untersuchung schnell und kosteneffizient auf weitere Gensets ausweiten. Außerdem eröffnet dieser Ansatz die Möglichkeit kostengünstig alle 90 Gene auf pathogene und wahrscheinlich pathogene Varianten (ACMG Klassen 4 und 5) in die Auswertung einzubeziehen.

Die diagnostische Ausbeute wird durch die standardmäßig durchgeführte Interpretation von Kopienzahlvarianten (Copy Number Variation, CNV) erhöht. Unser CNV-Erkennungsalgorithmus ermöglicht es uns, einzelne Exon-Deletionen mit einer Sensitivität von >81% zu identifizieren. Größere Deletionen von drei oder mehr Exons werden mit >96% Sensitivität detektiert. Wir berichten alle Deletionen und Duplikationen, die mit dem Phänotypen des Patienten assoziiert sind. Diese werden mittels MLPA oder qPCR bestätigt. Die CNV-Analyse trägt zu unseren hochwertigen medizinischen Befunden bei. Ihnen wird als Arzt damit eine umfängliche Diagnostik zur Verfügung gestellt – ohne zusätzliche Kosten.

Weitere Informationen über dieses Update erhalten Sie unter sales@cegat.de. Das aktualisierte Panel für Ziliopathien ist ab sofort verfügbar und kann hier angefordert werden.

Neueste Agilent Anreicherung für Exom Diagnostik

Die CeGaT hat es sich zum Auftrag gemacht, die besten verfügbaren Technologien für genetische Untersuchungen anzuwenden. In diesem Sinne haben wir nun auch unsere Exom-Diagnostik auf den neuesten Stand gebracht und verwenden das neueste und umfassendste Exom-Anreicherungskit von Agilent (SureSelect Human All Exon V7).

Die Trio (Vater, Mutter und betroffenes Kind) Exom Diagnostik wird empfohlen wenn:

  • der Phänotyp des Patienten komplex ist und sich früh manifestiert hat
  • vorhergehende genetische Untersuchungen, insbesondere Array CGH, keine Aufklärung brachten
  • eine spezifische genetische Untersuchung nicht zur Verfügung steht
  • multiple oder überschneidende Differentialdiagnosen in Frage kommen

Unsere Trio Exom Diagnostik beinhaltet eine vollständige und detaillierte Interpretation der genetischen Änderungen mit Bezug auf den klinischen Phänotyp des Patienten. Wir bewerten und interpretieren Einzelnukleotid Varianten (single nucleotide variants, SNVs), kleine Insertionen und Deletionen (INDELs) und Kopiezahlvariationen (copy number variants, CNVs) von einzelnen und/oder mehreren Exons. Wir untersuchen die mitochondriale DNA, den Verlust der Heterozygotie und unsere Pipeline ist sogar in der Lage Mosaizismen zu berücksichtigen.

Zusammen gefasst werden unsere medizinischen Befunde von einem hoch ausgebildetem Team von Spezialisten mit langjähriger Erfahrung in der Humangenetik erstellt. Dabei werden die aktuellste Literatur, öffentliche sowie interne Datenbanken für die Interpretation herangezogen. Die Klassifizierungen der Varianten werden nach den ACMG Richtlinien (American Colloge of Medical Genetics and Genomics) bewertet. Alle medizinischen Befunde werden in unserem interdisziplinären Team diskutiert. Wir publizieren unsere neuen Ergebnisse mit unseren weltweiten Kooperationspartnern in high impact journals (Veröffentlichungen).

Für weitere Informationen besuchen Sie bitte unsere Homepage oder wenden sie sich an sales@cegat.de

Aktualisierung des Panels für genetische Augenerkrankungen

Basierend auf aktuellen wissenschaftlichen Erkenntnissen haben wir unser Panel für genetische Augenerkrankungen (EYE) aktualisiert. Es liegt jetzt in der neunten Version vor. Insgesamt wurde das Panel um 64 Gene, die mit genetischen Augenerkrankungen in Verbindung gebracht werden, erweitert. Damit steigt die Gesamtzahl der untersuchten Gene auf 384, sodass die Wahrscheinlichkeit, die kausale Variante für eine genetisch bedingte Augenerkrankung zu finden, weiter erhöht wird.

Im Rahmen der Erweiterung des Panels haben wir neue Gensets aufgenommen, die folgende Phänotypen abbilden:

  • Glaukom (Genset EYE23)
  • Hornhautdystrophien (Genset EYE24)
  • Linsenluxation (Genset EYE25)

Bestehende Gensets, wie z.B. Optikusatrophie (EYE17) oder Katarakt (EYE21), wurden erweitert, was die Sensitivität unserer Analyse erhöht. Zudem eröffnet unser Großpanelansatz dem behandelnden Ophthalmologen sämtliche differentialdiagnostischen Optionen: Wir sequenzieren stets alle 384 Gene des Panels, fokussieren unsere Analyse dabei auf das angeforderte Genset. Sollte die krankheitsverursachende Mutation nicht in der initialen Analyse identifiziert werden, können wir die Untersuchung schnell und kosteneffizient auf weitere Gensets ausweiten. Außerdem eröffnet dieser Ansatz die Möglichkeit kostengünstig alle 384 Gene auf pathogene und wahrscheinlich pathogene Varianten (ACMG Klassen 4 und 5) in die Auswertung einzubeziehen.

Die diagnostische Ausbeute wird durch die standardmäßig durchgeführte Interpretation von Kopienzahlvarianten (Copy Number Variation, CNV) erhöht. Unser CNV-Erkennungsalgorithmus ermöglicht es uns, einzelne Exon-Deletionen mit einer Sensitivität von >81% zu identifizieren. Größere Deletionen von drei oder mehr Exons werden mit >96% Sensitivität detektiert. Wir berichten alle Deletionen und Duplikationen, die mit dem Phänotypen des Patienten assoziiert sind. Diese werden mittels MLPA oder qPCR bestätigt. Die CNV-Analyse trägt zu unseren hochwertigen medizinischen Befunden bei. Ihnen wird als Arzt damit eine umfängliche Diagnostik zur Verfügung gestellt – ohne zusätzliche Kosten.

Weitere Informationen über dieses Update erhalten Sie unter diagnostic-support@cegat.de. Das aktualisierte Panel für genetische Augenerkrankungen ist ab sofort verfügbar und kann hier angefordert werden: Zum Panel für Augenerkrankungen.

Case Report: Patient with metastasized pancreatic ductal carcinoma treated with individualized, neoepitope-derived multipeptide vaccines