CeGaT’s Genetic Tumor Diagnostics: Significantly Enhanced Medical Reporting

CeGaT has updated its Somatic Tumor Panel: Sequencing of 742 genes in tumor and normal tissue, reporting of treatment option, TMB and MSI determination, illustration of tumor-relevant signaling pathways. This helps physicians to identify the best therapeutic strategy.

Every tumor has an underlying genetic cause: a unique set of mutations that help the tumor to survive, reducing its sensitivity to treatment and developing resistance against drugs. Knowing a tumor’s mutations helps to identify promising therapeutic strategies and to avoid ineffective treatment options with their associated side effects. The goal of our Somatic Tumor Panel is to analyze all genes known to be involved in the development and progression of a tumor and to make this information accessible by means of a comprehensive and actionable medical report.

Our medical report on somatic tumor mutations features a wide range of analyses that offer physicians a detailed understanding of the molecular changes within the tumor cells. All our analyses are designed to assist the treating oncologist to choose an individualized treatment for each patient:

  • Treatment options

Our comprehensive medical report describes which of the tumor’s somatic mutations have potential therapeutic relevance. We list all treatment options.

  • TMB/MSI determination

Reliable determination of tumor mutational burden (TMB) and microsatellite instability (MSI) is a basis for a decision on immunotherapies with checkpoint inhibitors.

  • Illustration of tumor-relevant signaling pathways

Understanding altered signaling in the tumor helps to find its vulnerabilities and allows to identify the tumor’s possible bypass strategies.

We continuously update our panel according to recent scientific publications. For this update 32 genes have been added. We now analyze 742 tumor associated genes and selected translocations in 31 genes.

To ensure the highest sensitivity, specificity, and accuracy, we base our analysis on tumor and matching normal tissue. Only this approach guarantees accurate results. To maximize diagnostic yield, we include the analysis of single nucleotide variants (SNVs), insertions and deletions (INDELs), and copy number variants (CNVs).

We also offer a liquid biopsy option: Liquid biopsy is a useful method to access tumor tissue if it is not possible to obtain tumor tissue through surgery.

Sequencing, bioinformatic analysis and scientific interpretation are all done in-house by our specialized team. Our laboratory is fully accredited according to CAP, CLIA and DIN EN ISO 15189:2014.

For any questions please contact our team at sales@cegat.de. The somatic tumor analysis can be ordered here.

Aktualisierung des Panels für neuromuskuläre Erkrankungen

Deutliche Erhöhung der Sensitivität führt zu nahezu perfekter Abdeckung aller Gene. Zudem sind neue wissenschaftliche Erkenntnisse eingeflossen. Das Panel liegt nun in der Version sieben vor.

Für die neue Version konnte die Sensitivität von > 98,4 % auf > 99,997 % in nicht-homologen Regionen gesteigert werden. Das Panel ist damit nahezu perfekt abgedeckt.

Die Gensets des Panels wurden überarbeitet und auf den neusten wissenschaftlichen Stand gebracht. Insbesondere das Genset für kongenitale myasthene Syndrome und Arthrogrypose (ehemals NMD06) wurde in zwei dezidierte Gensets aufgeteilt:

  • Kongenitale myasthene Syndrome (29 Gene, NMD13) (AGRN, ALG14, ALG2, CHAT, CHRNA1, CHRNB1, CHRND, CHRNE, CHRNG, COL13A1, COLQ, DOK7, DPAGT1, GFPT1, GMPPB, LAMA5, LRP4, MUSK, MYO9A, PLEC, PREPL, RAPSN, SCN4A, SLC18A3, SLC25A1, SLC5A7, SNAP25, SYT2, VAMP1) 
  • Arthrogrypose (33 Gene, NMD14) (ACTA1, ADCY6, ADGRG6, ALG3, BICD2, CHST14, CNTNAP1, DNM2, ECEL1, ERBB3, ERGIC1, FBN2, FKBP10, GLDN, GLE1, LGI4, MYBPC1, MYH3, MYH8, NALCN, NEK9, PIEZO2, PIP5K1C, PLOD2, SYNE1, TNNI2, TNNT3, TOR1A, TPM2, UNC50, VIPAS39, VPS33B, ZC4H2)

Unser Großpanelansatz ist zeit- und kosteneffizient: Wir sequenzieren stets alle 344 Gene des neuromuskulären Panels und analysieren das bestellte Genset. So können wir die Analyse schnell auf andere Gensets ausweiten. Darüber hinaus bieten wir an, alle 344 Gene des Panels für neuromuskuläre Erkrankungen auf ACMG-Varianten der Klassen 4 und 5 zu überprüfen. Zudem führen wir für jedes angeforderte Panel standardmäßig eine Kopienzahlanalyse durch – ohne zusätzliche Kosten. Wir validieren pathogene Deletionen oder Duplikationen mittels MLPA oder qPCR, bevor wir den Befund erstellen. Die höchstmögliche Qualität ist unser Standard in der Diagnostik.

Für weitere Informationen zu den Panels stehen wir Ihnen unter sales@cegat.de beratend zur Seite. Die neuen Panels können hier angefordert werden.

Tumor-Immunonkologie als eigenständige Analyse mit den Biomarkern Tumormutationslast (TMB) und Mikrosatelliteninstablilität (MSI)

Die CeGaT bietet ab sofort die Analyse der Tumormutationslast (TMB) und Mikrosatelliteninstablilität (MSI) als eigenständige Analyse an. Das diagnostische Portfolio der genetischen Tumor-Diagnostik wird damit um die spezifische genetische Grundlage für die Therapieentscheidung  einer Immuntherapie mit Immun-Checkpoint-Inhibitoren erweitert.

Die Immuntherapie hat sich in den vergangenen Jahren zu einer wichtigen und vielversprechenden Behandlungsmöglichkeit von Tumorpatienten entwickelt. Die Behandlung mit Immun-Checkpoint-Inhibitoren ist bereits eine häufige Therapieempfehlung des Molekularen Tumor-Boards des Universitätsklinikums Tübingen. Die Relevanz für die Medizin und Gesellschaft hat auch das Nobelpreiskommitee honoriert, das den diesjährigen Nobelpreis für Medizin an James P. Allison und Tasuku Honjo vergeben hat. Beide Wissenschaftler wurden für Ihre Entdeckung der Krebstherapie durch Hemmung der negativen Immunregulation ausgezeichnet.

Die CeGaT GmbH unterstützt Onkologen dabei, diese innovative Therapieoption im klinischen Alltag anzuwenden. Bisher stand die TMB-Analyse, die bereits seit 2017 Anwendung findet, ausschließlich im Rahmen des Somatischen Tumor-Panels zur Therapieentscheidung zur Verfügung. Durch die Abkoppelung der TMB-Analyse ist diese spezialisierte Diagnostik jetzt schneller, kosteneffizient und in gewohnt hoher Qualität verfügbar.

TMB als prädiktiver Tumormarker für die Immunonkologie

Der Nutzen einer Immuntherapie mit Immun-Checkpoint-Inhibitoren ist unbestreitbar, die Erfolgsraten variieren jedoch stark. Trotz gleicher Diagnose sprechen einzelne Patientengruppen besser auf die Immuntherapie an als andere. Diese anhand von Biomarkern zu identifizieren, ist daher von großer Relevanz. Einer dieser Biomarker ist die Tumormutationslast („tumor mutational burden“, TMB).

Der TMB-Wert erweist sich in einer wachsenden Zahl von Studien als guter Marker, um Tumorpatienten zu stratifizieren und ist als Anzahl somatischer Mutationen pro Megabase (mut/Mbp) definiert. Ein hoher TMB-Wert ist mit einem wahrscheinlicheren Therapieansprechen mit Immun-Checkpoint-Inhibitoren assoziiert. Eine qualitativ hochwertige Bestimmung des TMB stellt die genetische Grundlage dieser Therapieentscheidung dar und sollte in der Tumordiagnostik als Teil der Routinediagnostik betrachtet werden.

Die TMB-Analyse der CeGaT ist ab sofort erhältlich und kann hier angefordert werden:

Tumor-immunonkologische Analyse (TMB und MSI)

Für weitere Informationen zur TMB-Analyse stehen wir Ihnen unter sales@cegat.de beratend zur Seite.

Aktualisierung des Panels für genetische Augenerkrankungen

Basierend auf aktuellen wissenschaftlichen Erkenntnissen haben wir unser Panel für genetische Augenerkrankungen (EYE) aktualisiert. Es liegt jetzt in der neunten Version vor. Insgesamt wurde das Panel um 59 Gene, die mit genetischen Augenerkrankungen in Verbindung gebracht werden, erweitert. Damit steigt die Gesamtzahl der untersuchten Gene auf 379, sodass die Wahrscheinlichkeit, die kausale Variante für eine genetisch bedingte Augenerkrankung zu finden, weiter erhöht wird.

Im Rahmen der Erweiterung des Panels haben wir neue Gensets aufgenommen, die folgende Phänotypen abbilden:

  • Glaukom (Genset EYE23)
  • Hornhautdystrophien (Genset EYE24)
  • Linsenluxation (Genset EYE25)

Bestehende Gensets, wie z.B. Optikusatrophie (EYE17) oder Katarakt (EYE21), wurden erweitert, was die Sensitivität unserer Analyse erhöht. Zudem eröffnet unser Großpanelansatz dem behandelnden Ophthalmologen sämtliche differentialdiagnostischen Optionen: Wir sequenzieren stets alle 379 Gene des Panels, fokussieren unsere Analyse dabei auf das angeforderte Genset. Sollte die krankheitsverursachende Mutation nicht in der initialen Analyse identifiziert werden, können wir die Untersuchung schnell und kosteneffizient auf weitere Gensets ausweiten. Außerdem eröffnet dieser Ansatz die Möglichkeit kostengünstig alle 379 Gene auf pathogene und wahrscheinlich pathogene Varianten (ACMG Klassen 4 und 5) in die Auswertung einzubeziehen.

Die diagnostische Ausbeute wird durch die standardmäßig durchgeführte Interpretation von Kopienzahlvarianten (Copy Number Variation, CNV) erhöht. Unser CNV-Erkennungsalgorithmus ermöglicht es uns, einzelne Exon-Deletionen mit einer Sensitivität von >81% zu identifizieren. Größere Deletionen von drei oder mehr Exons werden mit >96% Sensitivität detektiert. Wir berichten alle Deletionen und Duplikationen, die mit dem Phänotypen des Patienten assoziiert sind. Diese werden mittels MLPA oder qPCR bestätigt. Die CNV-Analyse trägt zu unseren hochwertigen medizinischen Befunden bei. Ihnen wird als Arzt damit eine umfängliche Diagnostik zur Verfügung gestellt – ohne zusätzliche Kosten.

Weitere Informationen über dieses Update erhalten Sie unter diagnostic-support@cegat.de. Das aktualisierte Panel für genetische Augenerkrankungen ist ab sofort verfügbar und kann hier angefordert werden: Zum Panel für Augenerkrankungen.

Update: Panel für Herzerkrankungen

Wir haben unser Diagnostisches Panel für Herzerkrankungen umfassend überarbeitet. Es wurde um 46 Gene erweitert und umfasst insgesamt 202 Gene, aufgeteilt auf 15 Gensets. Damit wird die Wahrscheinlichkeit, die kausale Variante für eine genetisch bedingte Herzerkrankung zu finden, deutlich erhöht.

Die Genanalyse der CeGaT trägt dazu bei, Herzerkrankungen frühzeitig zu erkennen, damit gezielte, vorbeugende Maßnahmen ergriffen werden können. Basierend auf aktuellen wissenschaftlichen Erkenntnissen haben wir sämtliche Gensets des Panels aktualisiert. Besonders hervorzuheben ist in diesem Zusammenhang das Genset für kongenitale Herzfehler (HRT09), das um 39 Gene erweitert wurde.

Das Panel für Herzerkrankungen wurde um die folgenden Gensets und Krankheitsbilder erweitert:

  • Kardiomyopathie mit Beginn im Säuglings-, Kleinkind- oder Kindesalter (HRT13)
  • Neuromuskuläre Erkrankungen mit Kardiomyopathie (HRT14)
  • Pulmonale arterielle Hypertonie (HRT15)
  • Hypercholesterinämie und Hyperlipoproteinämie (HRT16)

Alle CeGaT-Panels werden im Großpanelansatz untersucht. Wir sequenzieren stets alle Gene eines Panels und  werten das bestellte Genset aus. Damit erhalten Sie Zugriff auf eine flexible und kosteneffiziente Differentialdiagnostik. Zudem führen wir für jedes angeforderte Panel standardmäßig eine Kopienzahlanalyse durch, die bei Auffälligkeiten per MLPA oder qPCR bestätigt wird. Ihnen wird als Arzt damit eine umfängliche Diagnostik zur Verfügung gestellt.

Für weitere Informationen zu den Panels stehen wir Ihnen unter sales@cegat.de beratend zur Seite. Die neuen Panels können hier angefordert werden.