Services

Wir bieten verschiedene Sequenzierdienstleistungen an. Diese beinhalten nicht nur die Vorbereitung der erhaltenen Proben mittels verschiedener automatisierter Plattformen, sondern auch die Sequenzierung auf verschiedenen NGS Plattformen (HiSeq, MiSeq, IonTorrent PGM) und weiterer Datenanalyseoptionen (z.B. Rohdaten oder bioinformatisch analysierter Daten).

Next-Generation Sequencing

Mit Hilfe von Next-Generation Sequencing ist es möglich ca. 2 Milliarden Sequenzen parallel mit bis zu 180 Milliarden Basen pro Tag zu analysieren. Im Vergleich zur Sequenzierung nach Sanger, wo nur einzelne Sequenzen untersucht werden können, bietet NGS große Vorteile wie z.B. Kosten- und Zeitersparnis.

Forschungsexom

Mit Hilfe des Forschungsexom kann der gesamte proteinkodierende Bereich einer Probe untersucht werden und mit dem von anderen Proben verglichen werden. Dabei reicht unsere Erfahrung von der Populationsgenetik bis hin zu der Tumordiagnostik.

Transkriptom-Analyse

Mit Hilfe der Transkriptom-Sequenzierung können alle, zu einem bestimmtem Zeitpunkt in der Zelle exprimierten, RNA-Moleküle einer biologischen Probe nachgewiesen und quantifiziert werden. Dabei sind die Anwendungsmöglichkeiten sehr vielseitig.

Pharmakogenetik

Im Bereich der Pharmakogenetik bieten wir eine umfassende Analyse von 340 Genen an, die relevant sind für die Absorption, die Verteilung, den Metabolismus und die Exkretion von Fremdstoffen.

Förderprojekte

Als Next-Generation Sequencing Dienstleister stellt die CeGaT ihre Expertise auch bei öffentlich geförderten Projekten zur Verfügung. Aktuell sind wir Partner in folgenden Projekten:

CAM-PaC

Das Projekt CAM-PaC steht für die integrative Analyse von Genfunktionen in verschiedenen Zell- und Tiermodellen für Pankreaskrebs. Zunächst werden dafür neue Zell- und Tiermodelle sowie Strategien entwickelt, um große Mengen metabolischer, transkriptomischer und genetischer Daten zu generieren. Daraus werden dann auf systematische Art und Weise neue Therapieansätze und bioinformatische Modelle für eine prädiktive Diagnostik entwickelt. Die CeGaT stellt dabei dem Netzwerk ihre Expertise in der Transkriptomanalyse und -interpretation zur Verfügung. In einem ersten Schritt werden dazu Protokolle in die Routine überführt, welche die quantitative Interpretation des Transkriptoms aus wenigen Zellen zuverlässig erlaubt. Ziel ist die Analyse von clonal-sphere-cultures (CSC), die aus ca. 40 – 100 Zellen bestehen.

http://cam-pac.eu/

Förderprogramm: 7. EU-Forschungsrahmenprogramm

DESIRE

Im Rahmen von DESIRE sollen neue Strategien entwickelt werden, um die Diagnose, die Prävention und die Behandlung von Kindern mit schwer behandelbarer Epilepsie voranzubringen. Ein wichtiger Meilenstein beinhaltet die Entwicklung und Identifizierung verschiedener diagnostischer Werkzeuge und Biomarker, um eine standardisierte Diagnose und eine sinnvolle Patientenstratifizierung zu ermöglichen. In diesem Rahmen wird CeGaT miRNA-Biomarker aus Thrombozyten identifizieren und darüber hinaus validieren, inwiefern diese sich zur Diagnose und Vorhersage des Krankheitsverlaufes eignen.

http://epilepsydesireproject.eu/

Förderprogramm: 7. EU-Forschungsrahmenprogramm

IonNeurONet

IonNeurONet ist ein vom BMBF im Rahmen des „Förderschwerpunktes Seltene Erkrankungen“ gefördertes Forschungsnetzwerk. Ziel ist die Identifikation neuer genetischer Defekte, die Ionenkanalerkrankungen verursachen. Darüber hinaus steht die Aufklärung ihrer pathophysiologischen Mechanismen im Vordergrund. In diesem Zusammenhang führt CeGaT Exom-Sequenzierungen bei betroffenen Familien durch und hat ein spezielles diagnostisches Panel für die Diagnose von Ionenkanal-Erkrankungen entwickelt.

http://www.ionneuronet.de/

Förderprogramm: BMBF Förderschwerpunkt Seltene Erkrankungen

PONS

Ziel des Verbundprojektes PONS ist es, ein verbessertes Testsystem für die Entwicklung von Wirkstoffen gegen Schizophrenie hervorzubringen, das auf patientenabgeleiteten Neuronen basiert. Dafür werden bei CeGaT neuronale Proben aus Tiermodellen und aus neuronalen Zellen, die von induzierbaren pluripotenten Stammzellen (iPSCs) abgeleitet werden, als Untersuchungsmaterial eingesetzt. Bei diesen Proben wird die Expressionshöhe von mRNA und miRNA quantitativ bestimmt. So kann ein molekularer „Fingerabdruck“ des Krankheitsbildes erstellt werden und der Erfolg neuer medikamentöser Therapien über die Transkriptom-Muster beurteilt werden.